本发明公开了一种与黄羽肉鸡腿部毛囊大小相关的分子标记及其应用，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，所述分子标记的突变位于其第4内含子区域g.320CA处。本发明发现由于HOXB3基因内含子区域突变影响黄羽肉鸡的腿部毛囊大小，而提供了一种与黄羽肉鸡腿部毛囊大小相关的分子标记，可以用于家系选育中的早期选择，也可在选配中提供分子依据。本发明的SNP分子标记为鸡腿部皮肤毛囊大小性状的筛选提供了新的方法，所述分子标记有利于选育优势基因型黄羽肉鸡，改善鸡的腿部毛囊大小，可以节省生产成本并加快遗传发展，更好地服务于优质肉鸡的育种，具有很大的经济价值和科研价值。
本发明公开了一种与黄羽肉鸡腿部皮肤黄度相关的分子标记及其应用。所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，所述分子标记的突变位于其非编码序列内含子NC_006088.5:g.11346195GA处；本发明发现由于CD36基因内含子区域突变影响黄羽肉鸡的腿部皮肤黄度；因此，所述分子标记可应用于选育腿部皮肤黄度较高的个体，包括如下步骤：S1.提取待检测黄羽肉鸡的DNA；S2.目的片段的获得及测序：利用正反向引物对通过PCR扩增待测鸡的DNA，将获得的产物进行测序，分析序列碱基；S3.根据分析结果，育种时选择保留判定为GG基因型的个体。该分子标记有利于选育优势纯合基因型黄羽肉鸡，剔除腿部皮肤黄度较低的个体，提高鸡的腿部皮肤黄度。
