本发明提供了一种鉴别南瓜属植物叶绿体基因组SSR分子标记的引物组及其应用,涉及分子生物技术领域。本发明对中国南瓜、印度南瓜与灰籽南瓜的叶绿体基因组SSR进行鉴定,鉴定出45个SSR具有多态性;本发明进一步通过分析遗传分型条带,筛选出能够扩增出条带稳定、清晰并且多态性好的10对引物,所述序列如SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:20所示。本发明设计开发的叶绿体基因组SSR分子标记引物组能对南瓜属种质资源进行有效区分和聚类,这些标记具有较好的实用性,并将有助于深入研究我国南瓜属种质资源的遗传多样性。