本发明提供了一种鉴别哈氏本尼登虫和鰤本尼登虫的分子标记引物对、试剂盒及鉴别方法,涉及分子生物技术领域。本发明所述引物对基于哈氏本尼登虫和鰤本尼登虫的mtDNA COI基因201bp序列差异设计,包括CSF和CSR,其中CSF的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,CSR的核苷酸序列如SEQ I D NO.2所示,其结果稳定,可重复性强。利用本发明所述引物对、试剂盒和鉴别方法,有助于解决海洋鱼类寄生虫种类混杂等问题,为重要经济鱼类养殖、病害防控和资源保护、合理利用以及生物多样性研究提供技术支撑。