本发明公开了一种硫酸盐还原菌的分子检测方法。该检测方法所用的特异性引物对的核苷酸序列为SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示;所述检测方法包括(1)建立硫酸盐还原菌定量检测标准曲线和线性方程;(2)预处理样品;(3)以预处理后的样品为模板,利用所述引物对建立PCR反应体系,进行PCR扩增;(4)琼脂糖凝胶电泳检测;(5)利用凝胶成像系统对电泳结果进行分析,得到条带亮度值相对值,查标准曲线和线性方程定量确定硫酸盐还原菌浓度。本发明硫酸盐还原菌定量分子检测方法耗时短、操作简单、灵敏度高、检测费用低,具有广谱性检测效果,可用于各类样品中硫酸盐还原菌的定量检测。