一种猪肌内脂肪含量性状的遗传标记及应用。本发明首先提供了一种猪EEPD1基因核苷酸序列第1876bp处的一个CT碱基突变作为猪肌内脂肪含量性状相关的分子遗传标记。本发明通过制备得到一种与肌内脂肪含量性状相关的遗传标记,其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示,在它们第796bp处存在一个CT碱基突变,可显著影响猪肌内脂肪含量性状。本发明还提供了该遗传标记的制备方法及其在猪肌内脂肪含量性状关联分析中的应用。本发明为猪肌内脂肪含量性状的分子标记辅助育种提供了一个新的遗传标记。