本发明提供一种鉴别澳大利亚小裸胸鳝隐存种与小裸胸鳝的分子遗传学方法，采用线粒体COI基因片段作为分子标记对小裸胸鳝隐存种与小裸胸鳝进行鉴别，PCR扩增程序使用的引物序列如下：SEQ ID NO.3：GM‑F:5’‑ACAATGTCATCGTAACAGC‑3’；SEQ ID NO.4：GM‑R:5’‑GTAATGCCAGCTGCTAGTAC‑3’。本发明通过由小裸胸鳝隐存种和小裸胸鳝mtDNA COI基因421 bp序列排序结果可以看出小裸胸鳝隐存种与小裸胸鳝存在22个碱基的差异，表现为20个转换，2个颠换。其结果稳定，可重复性强，因此基于COI基因的碱基差异可以作为小裸胸鳝隐存种和小裸胸鳝的种质区分的分子标记，鉴别方法简单，易推广。
