本发明公开了一种用于检测与川崎病相关基因及SNP位点的DNA探针池、其制备方法及用途。所述DNA探针池包含558个寡核苷酸探针序列,分别如SEQ ID NO:3~SEQ ID NO:560所示。每个所述寡核苷酸探针序列包括5’末端21bp的通用序列、120bp能与基因特异性结合的序列、3’末端21bp的通用序列,所述寡核苷酸探针序列的5‘末端21bp、3’末端21bp的通用序列分别如SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:2所示。本发明的检测方法可降低检测成本,提高检测精确程度,能对川崎病发病机制、预后和药物疗效提供体外定性检测的手段,为降低川崎病后期引发冠状动脉损伤及其他心脏病提供有效的辅助诊断方法。