本发明公开了一种可溶性表达EG95蛋白及其制备方法和应用,该蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示,是在羊棘球蚴EG95基因后通过柔性连接子连接一个促溶标签而得到,其保留了完整的EG95蛋白序列,最大限度地保留了原蛋白的免疫原性,所使用的促溶标签对原蛋白影响小,不但能有效促溶,还不会对镍柱纯化或免疫等造成影响;相对于包涵体表达生产工艺的复杂性,可溶性表达简化了蛋白生产工艺,提高了生产效率,减少了多个纯化步骤带来的蛋白损失,还减少了氨氮废水的排放量;该蛋白可作为抗原用于制备羊棘球蚴病基因工程亚单位疫苗,动物试验结果证实,由其制得的疫苗具有良好的免疫效力和安全性。