一种与苦荞壳厚度相关的分子标记及其应用,本发明提供了一种与苦荞壳厚度相关的分子标记的SSR引物组,包括21对引物,其核苷酸序列如序列表SEQ ID No.1~42所示,本发明还提供了该SSR引物组的筛选方法及应用方法。本发明提供的SSR分子标记可将易脱壳苦荞(薄壳或裂壳)和普通苦荞(厚壳)种质区分开来,操作简单、重现性好、准确度高,可有效克服用田间苗期表型鉴定方法难以准确区分易脱壳苦荞(薄壳或裂壳)和普通苦荞(厚壳)组建的后代代资源群体的缺点,在薄壳苦荞种质资源鉴别及分子标记辅助育种中具有重要作用。