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[实用新型]公路工程使用的物料粉碎装置-CN202321140223.9有效
发明人： 陶琳娜 -专利权人：济宁恒宁建筑工程有限公司
申请日： 2023-05-12 - 公布日： 2023-10-27 - 主分类号： B02C4/08 文献下载
摘要：本实用新型公开公路工程使用的物料粉碎装置，包括粉碎箱、设于粉碎箱顶部的投料架、开设于粉碎箱内侧的粉碎腔、开设于粉碎腔底部的粉碎通孔、开设于粉碎通孔底部的出料腔、设于出料腔一侧的导料板、安装于粉碎箱另一侧的出料架以及用于对物料进行粉碎细化的打碎部件，本实用新型通过粉碎箱、投料架、漏料架、打碎杆以及固定杆，打碎杆外侧的第一粉碎齿和固定杆外侧的第二粉碎齿发生相对运动，能够使打碎杆和固定杆对物料进行粉碎细化，解决了现有设备对物料进行粉碎细化时不能够对物料多级粉碎细化，导致物料粉碎的程度不够，且不能够对设备进行敲击震动，导致物料出料时在设备内发生堆积或堵塞，容易降低设备出料的效率和持续性的问题。
公路工程使用物料粉碎装置

[发明专利]染色体水平基因组的组装方法和组装装置-CN202111649960.7有效
发明人：赵勇;周勋;康玲;陶琳娜;王静 -专利权人：上海诺禾致源医学检验实验室有限公司
申请日： 2021-12-29 - 公布日： 2023-09-26 - 主分类号： G16B30/20 文献下载
摘要：本发明提供了一种染色体水平基因组的组装方法和组装装置。该组装方法包括：获取同一物种已知的染色体水平基因组作为参考基因组；将待组装个体的重叠群或支架通过与参考基因组比对，得到对应的坐标信息；根据坐标信息将待组装个体的重叠群或支架挂载到染色体水平，得到待组装个体的染色体水平的基因组。对于难以提供Hi‑C数据的物种，通过使用同一物种已发表的染色体水平基因组作为参考基因组，将新测个体的重叠群或支支架水平基因组比对到参考基因组，从而实现将新测个体有参挂载到染色体水平的目的。
染色体水平基因组组装方法装置

[实用新型]用于公路工程的摊铺机-CN202321140723.2有效
发明人： 陶琳娜 -专利权人：济宁恒宁建筑工程有限公司
申请日： 2023-05-12 - 公布日： 2023-09-26 - 主分类号： E01C19/18 文献下载
摘要：本实用新型公开用于公路工程的摊铺机，包括摊铺机车体，摊铺机车体上表面的两侧均活动连接有料斗板，且两组料斗板对称设置，料斗板的后端与后挡板贴合，料斗板的前端与前挡板贴合，前挡板的底部与摊铺机车体活动连接，且通过锁定组件进行锁定，本实用新型由于前挡板为两段式结构，在向料斗进行卸料时，可以将前挡板上部的一段进行折叠，从而降低前挡板的高度，但是又不会完全使料斗的一侧失去阻挡，相较于现有技术中一侧完全开放的料斗，可以提高料斗单次接收沥青料的数量，单次可以添加更多的料，且使用后，通过解除锁定组件对前挡板的锁定，可以将前挡板完全放平，从而便于对料斗内部的残料进行清理。
用于公路工程摊铺机

[发明专利]性状定位的方法及装置-CN202111679978.1有效
发明人：姜亚菲;金岳;李萍;陶琳娜;王静;杨凌云 -专利权人：天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2021-12-31 - 公布日： 2023-06-13 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明提供了一种性状定位的方法及装置。该方法包括：将测序序列按照长度L进行切割，获得若干Kmer标记；对Kmer标记进行去重，获得唯一性Kmer标记及各唯一性Kmer标记在参考基因组上的位置；比对性状不同的群体中唯一性Kmer标记不一致的位置，不一致的位置即为与性状关联的位置。通过采用Kmer作为分子标记，代替传统的SNP或INDEL标记，进而通过比较不同性状的群体中的所不一致的Kmer标记及其位置，则该不一致的Kmer标记所在的位置即是与所比较的群体中所不同的性状关联的位置。在不同条件下均能准确定位，定位稳定性高。
性状定位方法装置

[发明专利]批量更新基因组组装和注释文件ID的方法和装置-CN202211712048.6在审
发明人：康玲;周勋;彭珍;赵勇;王龙;陶琳娜;马策 -专利权人：北京诺禾致源科技股份有限公司
申请日： 2022-12-29 - 公布日： 2023-06-06 - 主分类号： G16B50/30 文献下载
摘要：本发明提供了一种批量更新基因组组装和注释文件ID的方法和装置。该方法包括：S1，使用mummer软件与已知的近源物种的参考基因组进行比对，将基因组的原ID更新为与参考基因组上染色体顺序及方向顺序一致的新ID；S2，利用预设的基因命名格式对各基因在相应染色体上的位置进行排序，从而获得各基因新ID的注释文件。本申请的方法批量更新方式简单快速、且更新后的ID格式统一，易于后续分析。
批量更新基因组组装注释文件 id 方法装置

[发明专利]基因组hic分析的方法及装置-CN202211561394.9有效
发明人：王龙;赵勇;周勋;彭珍;曹斌斌;王静;陶琳娜;李萍;马策 -专利权人：北京诺禾致源科技股份有限公司
申请日： 2022-12-07 - 公布日： 2023-04-07 - 主分类号： G16B30/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种基因组hic分析的方法及装置。其中，该方法包括：S1，将组装基因组和参考基因组进行比对；S2，将hic测序的二代数据和组装基因组进行比对；S3，对bam文件进行聚类；S4，聚类文件原始的.hic文件和assembly文件进行手动调整；以及S5，将S4中调整后的assembly文件中的序列名称替换为和参考基因组一致的序列名称；和/或对assembly文件过滤并提取对应的染色体组成和名称；和/或按照染色体长度进行排序。应用本发明的技术方案，根据参考基因组的序列名称，对新组装的基因组hic挂载之后的名称进行对应修改；可以按照染色体长度进行排序，并支持对指定的染色体进行单独热图绘制。
基因组 hic 分析方法装置

[发明专利]基于第三代基因测序数据的外源插入信息的检测方法和装置-CN202211629203.8有效
发明人：姜亚菲;龚佳震;刘淼;陶琳娜;王静 -专利权人：北京诺禾致源科技股份有限公司
申请日： 2022-12-19 - 公布日： 2023-03-28 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于第三代基因测序数据的外源插入信息的检测方法和装置，涉及外源信息插入检测技术领域，缓解了现有技术中对于外源信息插入的检测速度慢、准确率低的技术问题。该方法包括：对待检测个体进行三代测序，整合参考基因和外源基因得到整合基因组，将测序结果与整合基因组进行比对，得到确定外源信息插入的第一Reads及插入位点，以及参考基因与外源基因插入片段之间的易位点；基于第一Reads与易位点，准确地检测外源序列的插入信息，包括插入的位点及插入的序列。
基于第三代基因序数插入信息检测方法装置

[发明专利]多倍体基因组同源染色体的拆分方法、装置及其应用-CN202011174363.9有效
发明人：李本萍;王璐;王迪;周勋;陶琳娜 -专利权人：天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2020-10-28 - 公布日： 2023-02-24 - 主分类号： G16B30/20 文献下载
摘要：本发明提供了一种多倍体基因组同源染色体的拆分方法、装置及其应用。其中拆分方法包括：根据HiC数据与多倍体基因组序列比对得到的比对文件，计算基因组重叠群间的互作强度和重叠群内的互作强度；根据各重叠群内的互作强度对连接错误的重叠群进行打断；利用打断后的重叠群进行相互比对，得到重叠群间的相似度；根据重叠群间的互作强度和重叠群间的相似度对所有重叠群进行聚类，实现对多倍体基因组同源染色体的拆分。先通过利用重叠群内的互作强度识别错误连接的重叠群，并在错误的地方进行打断。再通过识别重叠群间的相似性，利用重叠群间的互作强度和相似度高低进行聚类，从而能够有效的将同源染色体进行拆分。
多倍体基因组同源染色体拆分方法装置及其应用

[发明专利]全基因组等位基因鉴定方法及装置-CN202211016061.8有效
发明人：彭珍;赵勇;周勋;刘志静;王龙;陶琳娜;康玲 -专利权人：天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2022-08-24 - 公布日： 2022-11-22 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明提供了一种全基因组等位基因鉴定方法及装置。其中，鉴定方法包括：获取二倍体或多倍体的全基因组的原始蛋白注释文件；根据原始蛋白注释文件获取候选等位基因对及候选等位基因对中每个等位基因在基因组上的位置；根据各等位基因对中每个等位基因在基因组上的位置相同的原理对候选等位基因对进行筛选，获得最终的等位基因。通过基因组上的基因对和在基因组上的位置排序来鉴定等位基因，弥补了现有技术中等位基因鉴定不全或者等位基因鉴定错误的问题。
基因组等位基因鉴定方法装置

[发明专利]测序数据排除细菌污染序列的方法和装置-CN202210501247.6在审
发明人：周勋;赵勇;王龙;曹斌斌;陶琳娜 -专利权人：天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2022-05-10 - 公布日： 2022-06-07 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明提供了一种测序数据排除细菌污染序列的方法和装置。该方法包括：将测序数据与NT数据库进行比对，得到比对结果；将比对结果进行物种分类解析；去除比对结果中解析为细菌的序列，从而排除测序数据中细菌污染序列。通过将测序数据与NT数据库中的序列进行比对，将比对结果中的序列进行物种分类解析，将解析为细菌序列的测序序列去除，从而获得了排除细菌序列污染的测序数据。与现有技术中基于GC含量来排除细菌污染序列的方法相比，该方法不仅排除准确度更高，而且速度更快，更适合用于二代和三代大数据量的细菌污染排污。
序数排除细菌污染序列方法装置

[发明专利]修补基因组序列组装缺口的方法和装置-CN202111251612.4有效
发明人：周勋;王龙;田仕林;赵勇;周智伟;陶琳娜 -专利权人：北京诺禾致源科技股份有限公司
申请日： 2021-10-27 - 公布日： 2022-03-04 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明提供了一种修补基因组序列组装缺口的方法和装置。其中该方法包括：利用参考基因组序列信息与待修补基因组序列进行比对，获得组装缺口的第一版待替换序列信息；利用三代测序原始数据对第一版待替换序列信息进行二次检验和修正，并填补组装缺口，得到第一版修补后基因组序列；将第一版修补后基因组序列重新作为待修补基因组序列进行重复迭代，直至组装评估结果满足完整性要求，停止迭代；将停止迭代时对应的版本的修补后基因组序列作为终版修补缺口后的基因组序列；每次迭代所用的参考基因组序列信息为来源于同物种不同个体的参考基因组序列。该方法在需要计算的数据量、修复组装的完整性、计算的效率和结果展示方面均有较大提升。
修补基因组序列组装缺口方法装置

[发明专利]提升基因组组装完整性的方法、装置及其应用-CN202111365725.7有效
发明人：李本萍;田仕林;周勋;陶琳娜;王静 -专利权人：北京诺禾致源科技股份有限公司
申请日： 2021-11-18 - 公布日： 2022-02-18 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明提供了一种提升基因组组装完整性的方法、装置及其应用。该方法包括：获取目标样本的初步的染色体版本基因组；利用三代测序短序列与初步的染色体版本基因组的序列进行比对，将最优比对短序列根据染色体进行聚类，得到多个类群；在多个类群里对三代测序短序列的序列进行局部组装，从而获得完整性提升的组装基因组序列。通过首先利用测序序列，进行常规组装得到初组装基因组序列并进行染色体挂载之后，将三代短序列比对回上述的基因组上，将最优比对的三代短序列根据染色体聚成多个类群，之后在每个类群里做三代局部组装，从而获得完整性更高的基因组序列。
提升基因组组装完整性方法装置及其应用

[发明专利]基因组的组装方法及装置、计算机可读存储介质、处理器-CN202111417602.3在审
发明人：赵勇;周勋;田仕林;王龙;陶琳娜 -专利权人：天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2021-11-25 - 公布日： 2022-01-11 - 主分类号： G06F9/52 文献下载
摘要：本发明公开了一种基因组的组装方法及装置、计算机可读存储介质、处理器。其中，该方法包括：响应于第一命令，以利用原始测序数据生成预定数据库；响应于第二命令，基于多个文件生成多个区块；响应于第三命令，获取多个区块内的目标数据，以基于目标数据得到目标文件；响应于第四命令，生成独占锁；在确定当前存在正在运行的文件时，锁定其他文件，以对正在运行的文件进行处理；在确定正在运行文件处理结束时，释放独占锁，以基于目标文件对原始测序数据进行处理，得到目标基因组。本发明解决了相关技术中对基因组组装时，由于受到计算机集群带宽和硬盘的速度限制，使得组装效率比较低的技术问题。
基因组组装方法装置计算机可读存储介质处理器

[发明专利]高杂合二倍体序列组装结果去冗余的方法、装置及其应用-CN202111336702.3在审
发明人：李本萍;周勋;田仕林;蔡晶;陶琳娜 -专利权人：北京诺禾致源科技股份有限公司
申请日： 2021-11-12 - 公布日： 2021-12-10 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明提供了一种高杂合二倍体序列组装结果去冗余的方法、装置及其应用。该方法包括：根据HiC数据与高杂合二倍体序列组装结果比对得到包含多重比对在内的所有比对信息的比对文件；计算contig内的HIC互作强度，进而对高杂合二倍体序列组装结果中连接错误的contig进行打断；利用打断后的连接正确的基因组、其对应的比对文件及contig间的互作强度对contig进行聚类，得到多个类群；对每个类群中的contig序列进行排序定向，得到染色体版本的基因组；保留染色体版本的基因组中同源染色体的一条，并结合未挂载的contig序列，形成最终的去除冗余序列的基因组。解决了难以去除冗余序列的问题。
高杂合二倍体序列组装结果冗余方法装置及其应用

[发明专利]富含次生代谢物的植物组织中DNA的提取方法-CN202110938540.4在审
发明人：周勋;和金鹏;苏亚南;陶琳娜;金戈 -专利权人：天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2021-08-16 - 公布日： 2021-10-15 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种富含次生代谢物的植物组织中DNA的提取方法。该提取方法包括干扰物处理、组织细胞裂解、盐析、DNA沉淀和清洗步骤，其中，干扰物处理步骤包括：将植物组织同交联聚乙烯吡咯烷酮一起研磨；以及加入漂洗液对研磨后的植物组织进行干扰物漂洗处理；其中，漂洗液包括：100～500mM Tris‑Hcl pH＝4.8、0.35～0.5M山梨醇、5～10mM EDTApH＝4.8、1～5％PVP和0.5～2％巯基乙醇。应用本发明的技术方案，可以实现快速高效的提取出高质量DNA。
富含次生代谢物植物组织 dna 提取方法

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