本发明公开了南丹瑶鸡鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的SNP分子标记的筛选方法,直接从与鸡蛋品质相关的基因中筛选得到与鸡蛋浓蛋白高度和蛋黄颜色关联的8个SNP分子标记,这些SNP分子标记所处的序列如SEQ ID NO:1‑SEQ ID NO:8所示。本发明提供的SNP分子标记筛选方法简化了全基因组关联分析,直接对性状相关基因进行SNP标记的筛选,比全基因组测序的费用少,适用于高遗传力的数量性状的选育。筛选得到的SNP分子标记可用于分子辅助育种,在早期可以直接在基因组水平上选育个体,不依赖表型信息,对于低遗传力,难以度量的性状可显著提高选择效率,加快育种进程,节省中间饲养费用,提高了育种效率,降低了育种成本,具有广泛的应用前景。