本发明公开了一种来源于水生哺乳动物的Cathelicidin家族多肽,多肽通过对水生哺乳动物蛋白组数据库挖掘获得,所述多肽的氨基酸序列如SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2所示或与SEQ ID NO:1或2有90%以上同源性的氨基酸序列。本发明通过对水生哺乳动物蛋白数据库进行序列比对挖掘,截取Cathelicidin家族成熟肽段,得到多肽BM‑CATH和LV‑CATH。本发明设计并合成的抗菌多肽BM‑CATH、LV‑CATH抗菌谱广,杀菌速度快,且对绵羊红细胞溶血性低,哺乳动物细胞毒性小,可应用于普通细菌感染及耐药细菌感染性疾病的治疗,是现有抗感染治疗的优良替代药物或辅助治疗药物。