本发明公开了一种提高植物类胡萝卜素积累和耐盐性相关蛋白AeLCYE及其编码基因与应用。本发明提供一种蛋白,是(a)或(b):(a)由序列表中序列SEQ ID NO 2所示的氨基酸序列组成的蛋白质;(b)将序列表中序列SEQ ID NO 2所示的氨基酸残基序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且与植物抗逆性相关的由序列SEQ ID NO 2衍生的蛋白质。本发明将蛋白的编码基因导入拟南芥中,转基因拟南芥中类胡萝卜素含量显著提高,同时提高转基因拟南芥植株的耐盐性。类胡萝卜素生物合成和抗逆性相关蛋白AeLCYE及其编码基因在调控植物类胡萝卜素生物合成以及耐盐性中具有重要价值。