本发明属于分子生物学技术领域,公开了一种线纹尖塘鳢遗传性别相关的SNP分子标记及其应用,具体公开了与线纹尖塘鳢性别相关的SNP分子标记,所述SNP分子标记的序列如SEQ ID NO:1所示,SNP位点位于SEQ ID NO:1所示序列自5’端起第401位,其碱基为G/A。本发明利用分子遗传学及分子生物学的方法获得线纹尖塘鳢性别相关的SNP分子标记,所述SNP分子标记可用于线纹尖塘鳢性别鉴定以及辅助育种,不受线纹尖塘鳢的年龄、性别等限制,可以实现在早期幼鱼阶段就可以进行性别筛选的目的,通过该SNP分子标记分型结果,确定线纹尖塘鳢为ZW性别决定。