本发明提供了一种基于三代测序的个体识别体系、试剂盒及其应用,涉及生物技术领域,该个体识别体系包括扩增6个STR位点的引物序列,对应的引物序列如SEQ ID NO.1至SEQ ID NO.12所示;所述的6个STR位点包括D3S1358、CSF1PO、D6S1043、D7S820、D12S391、D13S317位点;本发明还提供了一种用于个体识别的试剂盒,该试剂盒包括上述引物序列和DNA模板、长片段扩增缓冲液、长片段扩增聚合酶、去离子水,能够进行混合复杂样本分型、个体身份识别以及亲缘关系的鉴定,且该方法适用于纳米测序仪,极具便携性,对测序环境需求低,测序结果准确。