本发明公开了一种基于蛋白定向进化的快速热启动酶及其应用,涉及体外检测生物技术领域。本发明提供的基于蛋白定向进化的快速热启动酶,在SEQ ID NO.1所示的序列中,具有下述的一个或多个氨基酸位置上的氨基酸取代:第59位、第339位、第459位、第507位、第515位、第626位、第638位、第688位、第707位、第708位、第743位、第749位。实验证明,本发明提供的基于蛋白定向进化的快速热启动酶在qPCR条件下扩增速度不低于1kb/3s,延伸5s的扩增性能不低于野生型延伸30s,解决了Taq酶在扩增时延伸时间长的问题,在不影响qPCRCt的情况下减少整体扩增时间;比市场上其他Taq酶能更快的完成诊断时间。