本发明提供了表达盒。在某些实施方案中，表达盒包含(a)与SEQ IDNO:2‑67中的任一者的序列至少90％相同的调节元件，以及(b)编码具有B结构域缺失的因子VIII蛋白(FVIII‑BDD)的核酸序列，其中该(a)的核酸序列与SEQ ID NO:77的序列至少90％相同，其中该调节元件可操作地连接至该核酸序列，且其中在该调节元件与编码FVIII‑BDD的该核酸序列之间不存在内含子，或其中未翻译的核酸的不超过0‑107个核苷酸在该调节元件与编码FVIII‑BDD的该核酸序列之间。在某些实施方案中，表达盒含有使CpG在相同位置处经CpT、CpA、TpG或ApG取代的序列元件或具有CpG减少的核酸序列。
本发明提供了编码酸性α‑葡萄糖苷酶(GAA)的核酸。在一些实施方案中，核酸与选自由如SEQ ID NO：1‑5所示的任何序列组成的组的序列具有大于约86％的序列同一性。在一些实施方案中，编码酸性α‑葡萄糖苷酶(GAA)的核酸包含少于127个CpG二核苷酸。还提供了使用这种编码酸性α‑葡萄糖苷酶(GAA)的核酸的表达盒、载体、细胞和细胞系以及方法。
公开了使用包含编码FVIII蛋白的核酸和核酸变体的载体的方法。在特定实施方案中，治疗患有血友病A的人的方法包括施用重组腺相关病毒(rAAV)载体，所述载体包含编码因子VIII(FVIII)的核酸或编码具有B结构域缺失的因子VIII(FVIII)(hFVIII‑BDD)的核酸变体。在一些方面，核酸变体与SEQ ID NO:7具有95％或更高的同一性和/或具有不超过2个胞嘧啶‑鸟嘌呤二核苷酸(CpG)的核酸变体。在其他方面，以小于约6×1012载体基因组/千克(vg/kg)的剂量向所述人施用rAAV载体。
