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[发明专利]一种蛋白质结构预测能量函数权重优化方法-CN201810994115.5有效
发明人：周晓根;张贵军;彭春祥;刘俊;胡俊;郝小虎 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-08-29 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种蛋白质结构预测能量函数权重优化方法，首先，将所有能量项的权重设置为1，通过蛋白质结构预测方法利用待确定能量项权重的能量函数产生多个样本构象；然后，基于差分进化算法，将各能量项的权重值看作优化变量，以样本构象的能量值和均方根偏差之间的相关系数最大为目标，对各能量项权重值进行优化；最后，利用优化得到的权重值对应的能量函数对构象空间进行优化，以能量值最小的构象作为最终的预测结构。本发明提供一种能够得到合理能量项权重值的蛋白质结构预测能量函数权重优化方法。
一种蛋白质结构预测能量函数权重优化方法

[发明专利]一种多级个体筛选进化蛋白质结构预测方法-CN201810762603.3有效
发明人： 张贵军;郝小虎;马来发;周晓根;王柳静;胡俊 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-07-12 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：一种多级个体筛选进化蛋白质结构预测方法，包括以下步骤：参数设置并初始化种群；基于进化算法框架，采用Rosetta score3能量函数作为优化目标，使用片段组装技术作为的变异策略，增加同代种群多样性，多级个体筛选方法用于进一步增加不同代种群间的多样性，并采用Monte Carlo算法对每个个体做局部增强得到当前的局部最优解，最终可以获得全局最优结构。本发明提供了一种有效的蛋白质结构从头预测方法。
一种多级个体筛选进化蛋白质结构预测方法

[发明专利]一种基于种群熵的阶段性蛋白质结构预测方法-CN201810762911.6有效
发明人： 张贵军;刘俊;王柳静;彭春祥;周晓根;郝小虎 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-07-12 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：一种基于种群熵的阶段性蛋白质结构预测方法，在差分进化算法的框架下，利用种群中个体状态间的转变选择不同的变异策略，在全局探测和局部增强间达到平衡。在探索阶段，利用排挤策略，使种群在进化的保证种群的多样性；在增强阶段，根据种群中个体状态间的转变构建马尔科夫模型，根据构建马尔科夫型计算种群熵值，再根据计算的熵值信息指导下一代种群中变异策略的选择，从而在全局探测和局部增强间达到平衡，在不断搜索更好的构象的同时避免陷入局部最优，提高构象空间的探索性能。本发明提供一种搜索效率和预测精度较高的基于种群熵的阶段性蛋白质结构预测方法。
一种基于种群阶段性蛋白质结构预测方法

[发明专利]一种基于特定片段交叉的蛋白质结构预测方法-CN201810763408.2有效
发明人： 张贵军;马来发;王小奇;周晓根;胡俊 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-07-12 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：一种基于特定片段交叉的蛋白质结构预测方法，包括以下步骤：首先预测查询序列的二级结构信息，构建片段库；其次设计基于特定片段交叉的策略，建立二级结构信息的适应度函数，设计交叉变异策略；最后根据按比例的适应度分配方法更新种群，利用设计基于特定片段交叉的策略能够有效地提高算法构象搜索能力和预测精度，预测的三级结构有很好的二级结构。本发明提供一种构象搜索能力较高和预测精度较高的蛋白质结构预测方法。
一种基于特定片段交叉蛋白质结构预测方法

[发明专利]一种基于蒙特卡洛遗传算法的高校排课方法-CN201810763134.7有效
发明人： 张贵军;陈安;谢腾宇;孙科;宋焦朋;魏遥;周晓根 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-07-12 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G06Q10/06 文献下载
摘要：一种基于蒙特卡洛遗传算法的高校排课方法，首先对获取的班级、课程、老师、时间以及教室信息进行随机拼接形成一条时间条，然后，由多个满足约束条件的时间条来形成一个个体即课表，多个个体形成一个种群；选取当前种群最优适应度的个体，对该个体进行交叉变异，交叉过程中采用蒙特卡洛概率接收的方法；最后根据设定的迭代次数进行变换，以最后一代种群中的最优个体作为最终预测结果。本发明提供一种可以合理配置各种教学资源的高校排课方法。
一种基于蒙特卡洛遗传算法高校方法

[发明专利]一种蛋白质表面残基的快速确定方法-CN201811059193.2有效
发明人：胡俊;刘俊;肖璐倩;张贵军 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-09-12 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种蛋白质表面残基的快速确定方法，首先，抽取蛋白质所有残基的中心碳原子在笛卡尔坐标系下的坐标信息；其次，计算这些中心碳原子的中心点坐标信息；再次，计算这些中心碳原子与计算得到的中心点之间的位置关系；最后，根据这些位置关系，判断对应残基是否为蛋白质表面残基。本发明提供一种计算代价低、精确度高的蛋白质表面残基确定方法。
一种蛋白质表面残基快速确定方法

[发明专利]一种全局和局部下界估计协同的群体蛋白质结构预测方法-CN201810993709.4有效
发明人：周晓根;张贵军;彭春祥;王柳静;胡俊 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-08-29 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种全局和局部下界估计协同的群体蛋白质结构预测方法，在差分进化算法框架下，首先，通过计算当前种群中每个构象个体的支撑向量建立能量模型的全局下界估计模型；然后，针对每个测试构象，选取与其邻近的部分构象构建邻近构象子种群，然后从其中随机选取构象指导变异过程；其次，根据与测试构象最近的构象的支撑向量计算能量局部下界估计值，并根据全局下界估计模型计算对应的能量全局下界估计值；最后选取能量全局和局部下界估计值中的较低者来指导构象的选择过程，减少能量函数的评价。本发明提供一种计算代价较低且预测效率较高的全局和局部下界估计协同的群体蛋白质结构预测方法。
一种全局局部下界估计协同群体蛋白质结构预测方法

[发明专利]一种智能立体仓库货位分配优化方法-CN201611026561.4有效
发明人： 张贵军;周晓根;姚俊;陈凯;郝小虎;王柳静 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2016-11-15 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G06Q10/04 文献下载
摘要：一种智能立体仓库货位分配优化方法，首先，针对货位分配优化模型，根据货位所在的层和列利用连续的实整数对各货位进行编码，将离散问题为连续的整数优化问题；然后，通过对各货位对应的数字进行随机排序生成初始种群，在每代进化之前，根据目标函数值选出部分最优解，并利用所选最优解之间的平均距离来衡量种群的拥挤度，进而根据拥挤度的变化在不同的搜索阶段动态选择不同的变异策略生成高质量的解；最后，根据编码数字与货位一一对应的关系进行解码，即最优解对应的货位分配方案即为当前最优方案。本发明在实际货位分配优化应用中，可以快速的得到合理的最佳分配方案和其他备用方案。
一种智能立体仓库货位分配优化方法

[发明专利]一种基于区域性多策略的物流配送路径规划方法-CN201810285692.7有效
发明人： 张贵军;赵雨滴;周晓根;王柳静;谢腾宇 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-04-03 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G06Q10/04 文献下载
摘要：一种基于区域性多策略的物流配送路径规划方法，首先，针对车辆配送路径优化问题，根据配送点和车辆对问题进行编码，将其转化为算法可以优化的变量；然后，针对配送路径优化模型，设计基于区域性多策略的差分进化算法，通过分区将相似的个体归为一类，从而在变异过程中，从不同类中选取个体来指导变异，同时，对每个个体采用两种不同的变异策略生成测试个体，并选择较优的测试个体进行更新，不仅能够提高算法搜索效率，而且还可以增加种群多样性，避免早熟收敛；最后，根据编码规则对优化所得到的最优解进行解码，从而得到最优配送路径方案。本发明提供一种搜索速度较快的，且结果可靠的基于区域性多策略的物流配送路径规划方法。
一种基于区域性策略物流配送路径规划方法

[发明专利]一种基于配体生长策略的蛋白质ATP对接方法-CN201910746835.4有效
发明人： 张贵军;饶亮;夏瑜豪;赵凯龙;胡俊;周晓根 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2019-08-14 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：一种基于配体生长策略的蛋白质ATP对接方法，首先，使用ATPbind服务器预测出蛋白质ATP绑定残基信息，辅助蛋白质与小分子对接；然后，通过将配体分解为多个片段依次进行对接，并使用能量函数优化片段的空间位置，提升了蛋白质‑ATP复合物结构的预测精度；最后，通过使用模拟退火算法快速搜索每一个配体片段的最优空间构象，提高了计算效率。本发明提供一种计算速度快、预测精确性高的基于配体生长策略的蛋白质‑ATP对接方法。
一种基于生长策略蛋白质 atp 对接方法

[发明专利]一种基于序列小生境的多模态蛋白质结构预测方法-CN201910793341.1有效
发明人： 张贵军;夏瑜豪;饶亮;刘俊;彭春祥;周晓根 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2019-08-27 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种基于序列小生境的多模态蛋白质结构预测方法，在蒙特卡洛框架下，首先，使用原始的能量函数进行第一轮搜索；然后，根据每次运行后得到的构象信息构造一个用于下一次运行的能量函数，避免构象反复陷入相同的能量陷阱，不仅能够缓解能量函数不精确的问题，而且可以增强采样能力，提高采样效率，从而提升预测精度。本发明提供一种预测精度较高的基于序列小生境的多模态蛋白质结构预测方法。
一种基于序列小生境多模态蛋白质结构预测方法

[发明专利]一种基于能量函数的模板口袋搜索方法-CN201911187348.5有效
发明人： 张贵军;饶亮;夏瑜豪;刘俊;胡俊;周晓根 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2019-11-28 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：一种基于能量函数的模板口袋搜索方法，首先，使用COACH服务器预测出蛋白质绑定残基信息；然后，设计计算代价小的筛选条件去除掉数据库中大量结构相似度很低的口袋；最后，设计精确的能量函数对两个口袋的结构相似度进行打分，并选择能量最低的口袋作为模板口袋。本发明提供一种计算代价低、搜索效率高的基于能量函数的模板口袋搜索方法。
一种基于能量函数模板口袋搜索方法

[发明专利]一种多元接触信息的子种群策略蛋白质结构预测方法-CN201911197621.2有效
发明人： 张贵军;彭春祥;刘俊;周晓根;李亭 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2019-11-29 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：一种多元接触信息的子种群策略蛋白质结构预测方法，在进化算法框架下，首先，利用片段组装技术初始化种群；然后，把种群分为多个子种群，对子种群中的每个个体进行变异，交叉操作产生新构象；在选择环节，首先利用Rosetta能量函数score3对新构象进行选择；然后，利用Scon(C)对能量低的新构象进行进一步的筛选，同时通过蒙特卡洛概率接收准则保持选择过程中构象的多样性。该方法利用子种群的概念并结合了多个contact服务器预测出的接触信息辅助结构预测，不仅能够缓解能量函数不精确的问题，而且可以提高种群的多样性。本发明提供一种多样性好、预测精度高的多元接触信息的子种群策略蛋白质结构预测方法。
一种多元接触信息种群策略蛋白质结构预测方法

[发明专利]一种基于小生境重采样的多模态蛋白质结构预测方法-CN201911197605.3有效
发明人： 张贵军;夏瑜豪;赵凯龙;刘俊;彭春祥;周晓根 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2019-11-29 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种基于小生境重采样的多模态蛋白质结构预测方法，在蒙特卡洛框架下，首先，使用初始的能量函数进行第一轮搜索；其次，以每次运行后得到的能量最低构象作为初始构象，在当前小生境内进行重采样；再次，根据重采样得到的构象信息计算小生境半径，并构造一个用于下一轮搜索的能量函数，以避免搜索到的构象重复陷入局部最优；最后，输出每次重采样过程中能量最低的构象作为最后预测结果。基于小生境重采样的多模态蛋白质结构预测方法能够缓解序列小生境方法难以确定半径的问题，从而增强采样能力，提高采样效率，提升预测精度。本发明提供一种预测精度较高的基于小生境重采样的多模态蛋白质结构预测方法。
一种基于小生境采样多模态蛋白质结构预测方法

[发明专利]一种基于GIS的城市消防栓管理方法-CN201810246611.2有效
发明人： 张贵军;魏遥;王柳静;陈安;周晓根;夏奥 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-03-23 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G06Q10/06 文献下载
摘要：一种基于GIS的城市消防栓管理方法，包括以下步骤：A1、获取所需数据；A2、对获取的数据进行筛选；A3、根据筛选出的数据编写脚本方法；A4、根据编写的脚本方法得出的结果进行初步的分析；A5、将数据导入ArcGIS Pro中；A6、对高程数据进行坡度提取和处理；A7、对供水管网数据进行处理；A8、对地段人口密度进行分析和处理；A9、生成成本数据集；A10、加入脚本，创建网络分析；A11分析生成的网络模型，得出合理的管理方法。本发明结合了GIS，基于实际地形、供水管网的实际分布以及地段人口密度实际分布情况，提出了一种消防栓使用效率较高的城市消防栓的管理方法。
一种基于 gis 城市消防栓管理方法