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[发明专利]一种残基对距离约束引导的片段组装方法-CN202110441230.1在审
发明人： 张贵军;冯琼琼;刘俊;杨涛;余众泽;郭赛赛;周晓根 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2021-04-23 - 公布日： 2021-08-13 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种残基对距离约束引导的片段组装方法，首先对预测的残基对距离分布图进行处理，过滤残基对间隔小于3个残基的残基对，根据过滤后的残基对距离分布构建全局构象评估函数。然后采用高斯拟合将过滤后的残基对距离分布按片段插入位置拟合成对应的高斯拟合曲线，接着根据每个位置的高斯拟合曲线对该位置的9片段库文件进行处理得到候选高概率片段，利用高概率片段进行片段组装，提高搜索构象空间的效率，最后利用蛋白质结构聚类算法SPICKER得到最终预测结构。本发明提供一种采样效率较高的残基对距离约束的片段组装方法。
一种残基距离约束引导片段组装方法

[发明专利]一种基于远程同源模板的蛋白质结构建模方法-CN202110454676.8在审
发明人： 张贵军;宋涛;姚嘉佳;刘俊;赵凯龙;周晓根 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2021-04-26 - 公布日： 2021-08-13 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种基于远程同源模板的蛋白质结构建模方法，基于多序列比对的思想，从局部比对出发，通过搜索蛋白质数据库发现若干个局部匹配；其次根据得到的局部匹配向两边扩展得到高得分的片段，然后通过多序列比对构建序列谱，再将序列谱重新带入数据库中搜索，迭代上述过程直至不再产生新的模板；最后得到满足期望阈值的模板，将得到的模板放入RosettaCM中进行同源建模结构预测。本发明提供一种能够有效辅助蛋白质结构预测的远程同源模板的蛋白质结构建模方法，能够提高蛋白质结构预测的精度。
一种基于远程同源模板蛋白质结构建模方法

[发明专利]一种基于深度残差网络的蛋白质残基间距离分布预测方法-CN202110483806.0在审
发明人： 张贵军;杨涛;刘俊;侯铭桦;郭赛赛;冯琼琼;周晓根 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2021-04-30 - 公布日： 2021-08-13 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种基于深度残差网络的蛋白质残基间距离分布预测方法，首先构建数据集，制作标签数据，获取多序列比对文件，以序列相似度为60％提取多序列比对文件；对20种氨基酸类型和gap进行编码；按照随机分配三张残基接触图权重合成一张新的接触图特征；搭建深度残差神经网络模型，将提取出的特征信息维度规范化处理，合并成一个491维L*L大小的输入特征；输入到深度残差网络模型中，经过数据降维，特征提取和反向传播参数，迭代50次后获得训练模型；将待测的蛋白质序列和特征信息输入到训练的模型中得到残基间的距离在每个距离区间的概率；本发明提供了一种基于深度残差网络的蛋白质残基间距离分布预测方法。
一种基于深度网络蛋白质残基间距分布预测方法

[发明专利]基于残基位置特征的蛋白质相互作用位点预测方法-CN202110380019.3在审
发明人：胡俊;董明;贾宁欣;曾文武;殷文杰;张贵军 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2021-04-09 - 公布日： 2021-08-13 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：一种基于残基位置特征的蛋白质相互作用位点预测方法，首先根据待进行蛋白质相互作用位点预测的序列信息，计算出该序列中每个残基的残基位置特征向量；然后，搭建卷积网络框架，通过从UniProt数据库获取已知蛋白质相互作用位点标签的蛋白质序列构建样本集，训练搭建的卷积网络；最后，将待进行预测的蛋白质序列中残基的特征向量输入到训练的模型中，根据输出的概率值来判断该序列中的残基是否为相互作用位点。本发明计算代价低、预测精度高的基于残基位置特征的蛋白质相互作用位点预测方法。
基于残基位置特征蛋白质相互作用预测方法

[发明专利]一种基于变异系数法的蛋白质DNA绑定残基预测方法-CN202110380067.2在审
发明人：胡俊;殷文杰;贾宁欣;曾文武;董明;张贵军 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2021-04-09 - 公布日： 2021-08-13 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：一种基于变异系数法的蛋白质DNA绑定残基预测方法，根据待进行DNA绑定残基预测的蛋白质序列S，分别使用PSI‑BLAST和SANN程序生成矩阵PSSM和PSA；分别计算PSSM和PSA每一行的标准差和平均值，得到矩阵F1和F2，并将其串接成特征矩阵F。搭建非对称卷积神经网络，从PDB数据库获取已知DNA绑定残基标签的蛋白质序列作为训练集训练该网络，将S中所有残基的特征向量输入训练好的模型中，根据模型输出的概率值来预测S中残基是否是DNA绑定残基。本发明计算代价低、预测精确性高。
一种基于变异系数蛋白质 dna 绑定残基预测方法

[发明专利]一种基于残基间距离优化的差分进化蛋白质结构预测方法-CN202110466042.4在审
发明人： 张贵军;徐嘉康;杨子豪;王柳静;刘俊;周晓根 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2021-04-28 - 公布日： 2021-08-10 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：一种基于残基间距离优化的差分进化蛋白质结构预测方法，在差分进化算法的框架下，首先，初始化种群，根据距离信息构建能量函数；其次，对种群中的构象进行交叉变异，探测构象空间，然后对当前构象进行距离优化，并根据能量进行选择操作，更新种群；最后，输出种群中能量最低的构象作为预测结果。基于残基间距离优化的差分进化蛋白质结构预测方法构建了基于距离信息的能量模型，缓解了传统能量不精确的问题，在进化算法的框架下使用距离优化的方法加强局部探测，提高了蛋白质结构预测方法的预测精度与效率。本发明提供了一种基于残基间距离优化的差分进化蛋白质结构预测方法，能有效提高蛋白质结构预测的精度和效率。
一种基于残基间距优化进化蛋白质结构预测方法

[发明专利]一种用于搜索引擎的数据分析和安全监控系统-CN202110289546.3在审
发明人： 张贵军 -专利权人： 张贵军
申请日： 2021-03-18 - 公布日： 2021-08-06 - 主分类号： H04L12/24 文献下载
摘要：本发明提供了一种用于搜索引擎的数据分析和安全监控系统，包括系统本体和安装在系统本体内的数据分析模块、安全监控模块和报警模块，所述数据分析模块和安全监控模块分别同时连接报警模块。所述数据分析模块内分别设置有成交量数据统计模块、信息点录入量实时统计模块、信息点访问量实时统计模块、服务器容量实时监测模块。所述安全监控模块内分别设置有访问权限控制模块、病毒监控模块、防火墙模块、超量异常录入监控模块、超量异常访问监控模块、防违规信息上传监控模块。本专利一旦发现数据或安全异常，均会通过各个模块将异常数据上传给报警模块，操作人员看到报警信息后，可选择手动处理，也可选择全自动默认处理，极大的保护了系统安全。
一种用于搜索引擎数据分析安全监控系统

[发明专利]一种具有感兴趣内容和广告智能推送功能的搜索引擎系统-CN202110317311.0在审
发明人： 张贵军 -专利权人： 张贵军
申请日： 2021-03-25 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G06F16/958 文献下载
摘要：本发明提供了一种具有感兴趣内容和广告智能推送功能的搜索引擎系统，包括系统展示层和安装在系统展示层后端的浏览历史分析模块、感兴趣内容选择模块和广告模块，所述浏览历史分析模块和感兴趣内容选择模块分别同时连接广告模块。所述浏览历史分析模块内分别设置有各板块浏览次数统计模块、各板块搜索次数统计模块、各板块浏览时间点统计模块、各板块浏览时间长度统计模块。所述感兴趣内容选择模块内分别设置有感兴趣内容控制模块、不感兴趣内容控制模块、中性兴趣内容控制模块、自命名兴趣内容控制模块、热门访问内容推送模块、冷门访问内容推送模块。本专利页面布局不是固定不变的，用户可以根据自己的使用习惯和兴趣来灵活组合；感兴趣的内容可以定制和选择，系统会根据用户选择的喜好来主动推送相关内容和广告，也可根据用户的选择来向用户推送对应的内容。
一种具有感兴趣内容广告智能推送功能搜索引擎系统

[发明专利]一种基于Loop信息采样的群体蛋白质构象空间优化方法-CN201810579315.4有效
发明人：李章维;孙科;谢腾宇;周晓根;张贵军 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-06-07 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种基于Loop信息采样的群体蛋白质构象空间优化方法，首先，在群体算法中使用了针对Loop区域的交叉，交叉概率的设置可以控制群体收敛的速度，避免早熟；其次，二级结构区域片段组装操作可以使构象形成较优的整体拓扑结构；然后，使用基于Loop区域的拉氏图重要性采样方法对目标蛋白构象的Loop区域进行局部结构增强；最后，在选择过程中结合二级结构相似度和能量函数两个指标对种群进行择优，淘汰二级结构相似度较小和能量较大的个体，避免能量函数不精确的问题。本发明采样能力较好、预测精度较高。
一种基于 loop 信息采样群体蛋白质构象空间优化方法

[发明专利]一种多域蛋白质Linker构建方法-CN201810438030.9有效
发明人： 张贵军;周晓根;谢腾宇;胡俊;王柳静 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-05-09 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种多域蛋白质Linker构建方法，首先，根据未封闭的残基之间的Cα原子距离确定需要构建的Linker氨基酸序列长度；然后，通过随机游走的方式确定Linker中所有Cα原子的坐标，并通过原子冲突和封闭性检验判断所生成的Cα原子的有效性；其次，利用Pulchra方法生成其它原子，并利用蒙特卡罗算法对整个结构进行调整，同时根据二面角、原子冲突和键角等能量指导算法进行搜索；最后，根据蛋白质结构精修工具对最终结果进行精修，从而得到Linker的结构。本发明提供一种预测精度和效率均较高的多域蛋白质Linker构建方法。
一种蛋白质 linker 构建方法

[发明专利]一种基于多样性指标的群体蛋白质构象空间优化方法-CN201810438596.1有效
发明人： 张贵军;彭春祥;刘俊;周晓根;王柳静 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-05-09 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：一种基于多样性指标的群体蛋白质构象空间优化方法，首先，利用Rosetta第一阶段进行片段组装生成初始种群，并利用Rosetta第二阶段进行片段组装生成新种群；然后，针对随机选取的Loop区域，对构象进行Loop交换，从而实现种群重组；其次，基于Loop区域，对每个构象进行变异操作，并将变异生成的所有新个体与当前种群进行合并，并提取构象的USR特性信息建立多样性指标，基于该指标和能量对整个种群进行更新操作；最后，分别利用Rosetta第三和第四阶段对整个种群进行进一步优化，从而得到最终预测结果。本发明采样效率较高、多样性较好、复杂度较低及预测精度较高。
一种基于多样性指标群体蛋白质构象空间优化方法

[发明专利]一种基于残基距离和接触信息的蛋白质结构预测方法-CN201810631706.6有效
发明人： 张贵军;彭春祥;刘俊;周晓根;王柳静;胡俊 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-06-19 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16C20/70 文献下载
摘要：一种基于残基距离和接触信息的蛋白质结构预测方法，在Rosetta的基本框架下，引入表示空间中各个位置上残基的相互距离的距离谱和残基接触信息来提高能量函数的精度。首先初始化构象，用Rosetta第一阶段的片段组装技术生成初始种群，并在初始种群中分别对每个构象用Rosetta第二阶段的片段组装来生成新构象；然后根据设计的残基距离谱和接触信息能量函数来指导构象选择，从而更新种群；最后，按上述步骤分别进行Rosetta第三阶段和第四阶段，从而得到最终预测结果。通过残基距离和接触信息为辅来指导构象选择，从而缓解能量函数不精确导致的预测误差问题。本发明预测精度较高。
一种基于残基距离接触信息蛋白质结构预测方法

[发明专利]一种快速精确的蛋白质绑定口袋结构对齐方法-CN201811024797.3有效
发明人：胡俊;彭春祥;周晓根;张贵军 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-09-04 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：一种快速精确的蛋白质绑定口袋结构对齐方法，首先，通过计算蛋白质绑定口袋内部每个残基与其它残基在三维空间中的位置关系信息，组成该残基的特征向量；其次，通过比较两个来自不同蛋白质绑定口袋的残基的特征向量之间的相似性，构建蛋白质绑定口袋之间的打分矩阵；最后，使用贪心算法迭代地搜索蛋白质绑定口袋间的对齐信息。本发明提供一种计算代价低、对齐精确性高的蛋白质绑定口袋结构对齐方法。
一种快速精确蛋白质绑定口袋结构对齐方法

[发明专利]一种基于GIS的汽车站选址方法-CN201810986285.9有效
发明人： 张贵军;姚飞;袁丰桥;周晓根;李远锋;魏遥 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-08-28 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G06Q10/04 文献下载
摘要：一种基于GIS的汽车站选址方法，首先把原始的路网数据、公交站点数据、人口数据，导入到ArcGIS Pro软件中，生成对应的分布图。通过计算筛选出i个人口高密度区，作为汽车站的初次筛选点，计算预选汽车站周围的居民到达预选汽车站的出行概率，计算周围的居民到达预选汽车站的平均出行时间，分析预选点区域的公交可达性，分析到达预选汽车站交通的阻抗成本，分析汽车站预选点所在地的坡度。考虑以上几个重要因素建立选址模型，根据选址模型的值来确定最终汽车站的选址位置。本发明提供一种选址效率较高的基于GIS的汽车站选址方法。
一种基于 gis 汽车站选址方法

[发明专利]一种基于差分进化局部扰动的蛋白质构象空间优化方法-CN201811000740.X有效
发明人： 张贵军;刘俊;彭春祥;周晓根;王柳静;李远锋 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2018-08-30 - 公布日： 2021-08-03 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：一种基于差分进化局部扰动的蛋白质构象空间优化方法，在差分进化算法的框架下，利用种群中个体间的信息交换增强算法的探索能力；同时，利用差分进化算法实现对loop区域的微调，增加loop区域结构的多样性，从而在已有的结构的基础上进一步增强对loop区域的探索，进而提高整体的探索效率和预测精度。本发明提供一种预测精度较高的基于差分进化局部扰动的蛋白质构象空间优化方法。
一种基于进化局部扰动蛋白质构象空间优化方法