本发明公开了一种小麦千粒重和粒长基因TaGS3‑4A的分子标记及其应用，该分子标记由分子标记CAPS‑4A‑357/713和分子标记InDel‑4A‑351一对成套的分子标记组成；所述分子标记CAPS‑4A‑357/713的上游引物CAPS‑4A‑357/713‑F的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示、下游引物CAPS‑4A‑357/713‑R的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示；所述分子标记InDel‑4A‑351的上游引物InDel‑4A‑351‑F的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示、下游引物InDel‑4A‑351‑R的核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示。本发明所公开的TaGS3‑4A基因的等位变异和成套分子标记CAPS‑4A‑357/713和分子标记InDel‑4A‑351能够有效筛选出基因TaGS3‑4A为增加小麦千粒重和粒长优异单倍型的小麦品种或品系，在小麦分子辅助育种中具有较大的应用空间。
