本发明公开了一种用于检测EGFR的探针、试剂盒和缺失突变分析方法,用于检测EGFR的探针包括一条针对缺失区域之外的侧翼序列的探针,序列为SEQ ID NO:1;以及一条或多条针对缺失区域野生序列的探针,序列为SEQ ID NO:2。试剂盒还包括引物,所述引物包括EGFR缺失侧翼正向引物,序列为SEQ ID NO:3;以及EGFR缺失侧翼反向引物,序列为SEQ ID NO:4。缺失突变分析方法采用所述的探针针对多种缺失突变,通过比较不同针对野生序列的探针扩增曲线的Ct值,达到了对突变模板有无以及多少的相对定量分析,从而在分析EGFR缺失突变含量较少的游离核酸时,具有一定实用价值。