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[发明专利]测定一生物样品的一甲基化图谱的方法-CN202310582280.0在审
发明人： 安东·瓦卢耶夫;阿拉什·詹姆席狄 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2017-08-10 - 公布日： 2023-07-18 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开一种测定一生物样品的一甲基化图谱的方法。在各种实施例中，所述方法使用从单一样品的等分试样平行制备的亚硫酸氢盐转化的定序库和亚硫酸氢盐的定序库来鉴定甲基化位点和模式。
测定生物样品甲基化图谱方法

[发明专利]制备双标签DNA库用于亚硫酸盐转化定序的方法-CN201780062340.9有效
发明人： 安东·瓦卢耶夫;阿拉什·詹姆席狄 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2017-08-10 - 公布日： 2023-06-13 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开多种使用亚硫酸氢盐转化定序制备双标签核酸库用于甲基化图谱的方法。在各种实施例中，所述方法使用两步骤标签程序来标记具有独特分子标识物(UMIs)的亚硫酸氢盐处理的DNA。
制备标签 dna 用于亚硫酸盐转化方法

[发明专利]卷积神经网络系统及数据分类方法-CN201980037053.1有效
发明人：弗吉尔·尼古拉;安东·瓦卢耶夫;达莉亚·菲利波娃;马修·H·拉森;M·赛勒斯·马厄;莫妮卡·波特拉·朵斯·桑托斯·皮门特尔;罗伯特·安倍·潘恩·卡列夫;科林·梅尔顿 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2019-05-31 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： A61K45/00 文献下载
摘要：本发明提供一物种的多个不同的癌症状况中的癌症状况的分类，其中针对多个训练对象中的每个训练对象，获得一癌症状况以及包括所述各自的训练对象的基因型信息的一基因型数据构建。多个基因型构建被格式化为包括一个或多个向量的多个相应的向量集。多个向量集被提供给一网络架构，所述网络架构包括一卷积神经网络路径，所述卷积神经网络路径包括与一第一过滤器相关联的至少一第一卷积层，所述第一过滤器包括一第一组过滤器权重以及一评分器。从所述评分器获得对应于多个向量集到所述网络架构的输入的多个分数。多个各自的分数与所述多个相应的训练对象的所述相应的癌症状况的比较被用于调整所述多个过滤器权重，从而训练所述网络架构，以对癌症状况进行分类。
卷积神经网络系统数据分类方法

[发明专利]根据性能度量生成癌症检测分析组-CN202180036132.8在审
发明人：项晶;安东·瓦卢耶夫 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2021-04-20 - 公布日： 2023-02-03 - 主分类号： G16H50/20 文献下载
摘要：一种系统，生成癌症检测分析组。该系统被配置成生成具有最小化尺寸和数量的基因组区域、同时仍能检测在特定性能阈值处或之上的癌症的存在的测定。为了选择用于分析组的基因组区域，系统采用分类模型。分类模型接收可以与疾病存在相关联的一组基因组区域。然后，该模型确定每个基因组区域的灵敏度记分，并根据其记分对这些区域进行排序。灵敏度记分是基于基因组区域中的变异指示癌症的可能性。然后，该模型基于它们的排序顺序选择用于分析组的基因组区域。该模型针对所需的检测性能而仅选择所需的尽可能多的基因组指示物。基因组区域可以与实体癌或液体癌、病毒区域或癌症热点相关。
根据性能度量生成癌症检测分析

[发明专利]用于癌症侦测的多重化验预测模型-CN201980034823.7在审
发明人：厄尔·哈贝尔;萨缪尔·S·格罗斯;达莉亚·菲利波娃;沈翎;奥利弗·克劳德·维恩;亚历山大·韦弗·布罗克;张楠;塔拉·马妲拉;亚历克斯·阿尔法尼斯;刘勤文;安东·瓦卢耶夫;弗吉尔·尼古拉;理查德·T·威廉斯 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2019-04-15 - 公布日： 2021-01-08 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：一种预测性癌症模型，通过分析一个或更多个类型的特征的数值而产生对感兴趣的一个体的一癌症预测。所述特征是衍生自获得自所述个体的cfDNA。特定地，来自所述个体的cfDNA被以一个或更多个物理化验定序，以产生数个序列读数。所述物理化验的数个示例包括一小变异定序化验、全基因组定序化验及甲基化定序化验。所述数个物理化验的所述数个序列读数经由对应的计算机分析处理，以产生数个小变异特征、数个全基因组特征及数个甲基化特征中的每个。数个特征的所述数值可以被提供至产生一癌症预测的一预测性癌症模型。在一些实施例中，不同类型的数个特征的所述数值可以被分离地提供至不同的数个预测性模型中。每个分离的预测性模型可以输出一分数。所述分数可以作为进入一总体模型的输入，所述总体模型输出所述癌症预测。
用于癌症侦测多重化验预测模型

[发明专利]选择、管理和分析高维数据的方法和系统-CN201980023369.5在审
发明人：达莉亚·菲利波娃;安东·瓦卢耶夫;弗吉尔·尼古拉;卡蒂克·贾加迪什;M·赛勒斯·马厄;马修·H·拉森;莫妮卡·波特拉·朵斯·桑托斯·皮门特尔;罗伯特·安倍·潘恩·卡列夫 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2019-03-13 - 公布日： 2020-11-27 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开一种用于分析高维数据(例如与一疾病状况有关的多个核酸样本的序列读数)的系统、方法和计算机程序产品。
选择管理分析数据方法系统

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