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[发明专利]使用合成添加训练样品进行癌症分类-CN202180026777.3在审
发明人： M·赛勒斯·马厄;萨缪尔·S·格罗斯;约书亚·纽曼;约格·布登诺;奥格尼恩·尼科利奇 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2021-03-29 - 公布日： 2022-12-09 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：公开了多种用于检测癌症及/或确定癌症起源组织的方法及系统。公开了一种多类癌症分类器，所述多类癌症分类器通过含有多个cfDNA片段的多个生物样品以及从所述多个生物样品产生的至少一合成训练样品来被训练。分析系统通过从被标记为癌症的一训练样品中抽样多个片段以及从另一个被标记为非癌症的训练样品中抽样多个片段来生成合成训练样品。抽样概率是基于所述癌症分类器的检测的一限度来被确定的，例如，以便生成具有接近检测的限度的癌症肿瘤分数的合成训练样品。
使用合成添加训练样品进行癌症分类

[发明专利]使用基因组区域建模进行癌症分类-CN202180023008.8在审
发明人： 萨缪尔·S·格罗斯;约书亚·纽曼;弗吉尔·尼古拉 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2021-03-29 - 公布日： 2022-11-11 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：公开了多种用于检测癌症及/或确定癌症起源组织的方法及系统。片段被分成基因组区域，其中对每个基因组区域训练区域模型。片段输入到区域模型中，并且输出用于生成癌症分类的特征向量。在一个实施方案中，区域模型是浅层神经网络，配置为生成指示片段源自癌症生物样品的似然的分数。特征向量是基于具有高于各个基因组区域的阈值分数的片段的计数来确定的。在另一实施方案中，区域模型配置为生成用于片段的输入甲基化嵌入的区域嵌入。区域嵌入按区域池化(pool)，然后再次池化以生成特征向量。
使用基因组区域建模进行癌症分类

[发明专利]侦测癌症、癌症来源组织及/或一癌症细胞类型-CN202080022481.X在审
发明人： 萨缪尔·S·格罗斯;奥利弗·克劳德·维恩;亚历山大·P·菲尔兹;刘勤文;简·施伦伯格;约格·布登诺;约翰·F·博桑;塞德梅迪·肖吉;阿拉什·詹姆席狄 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2020-02-04 - 公布日： 2022-02-08 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本描述提供了一种血液病症(HD)化验检测组合，用于靶向检测各种血液病症专一性的甲基化模式或变异，比如潜质未定的克隆性造血(CHIP)及血液癌症，比如白血病、淋巴瘤(例如，淋巴癌)、多发性骨髓瘤及骨髓性肿瘤。在此进一步提供者包括：设计、制造及使用用于侦测各种血液病症的所述HD化验检测组合的方法。
侦测癌症来源组织细胞类型

[发明专利]侦测癌症、癌症来源组织及/或一癌症细胞类型-CN202080025351.1在审
发明人：奥利弗·克劳德·维恩;亚历山大·P·菲尔兹;萨缪尔·S·格罗斯;刘勤文;简·施伦伯格;约格·布登诺;约翰·F·博桑;塞德梅迪·肖吉;奥努尔·萨卡里亚;M·赛勒斯·马厄;阿拉什·詹姆席狄 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2020-02-05 - 公布日： 2022-02-08 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本描述提供了一种癌症化验检测组合，用于靶向检测各种癌症专一性的甲基化模式。在本文中进一步提供者包括：设计、制造及使用用于侦测癌症来源组织(例如，癌症的类型)的所述癌症化验检测组合的方法。
侦测癌症来源组织细胞类型

[发明专利]侦测癌症、癌症来源组织及/或癌症细胞类型-CN202080023806.6在审
发明人：奥利弗·克劳德·维恩;亚历山大·P·菲尔兹;萨缪尔·S·格罗斯;刘勤文;简·施伦伯格;約格·布登諾;约翰·F·博桑;塞德梅迪·肖吉;奥努尔·萨卡里亚;M·赛勒斯·马厄;阿拉什·詹姆席狄 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2020-01-24 - 公布日： 2021-11-30 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本描述提供了一种癌症化验检测组合，用于靶向癌症特异性甲基化模式的侦测。本文进一步提供的方法包括设计、制作及使用癌症化验检测组合来检测癌症及特定类型的癌症。
侦测癌症来源组织细胞类型

[发明专利]异常片段检测与分类-CN201980092160.4在审
发明人： 萨缪尔·S·格罗斯;奥利弗·克劳德·维恩;亚历山大·P·菲尔兹;戈登·卡恩;阿拉什·詹姆席狄 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2019-12-20 - 公布日： 2021-09-21 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：一种用于确定来自一测试对象的一测试样本中是否存在癌症的系统和方法，所述测试样本包含一组的多个片段的脱氧核糖核酸(DNA)。所述多个片段可通过概率分析来识别，或在确定为高甲基化或低甲基化时进行识别。所述系统生成一测试特征向量，具有对于每个CpG位点用于一经训练的模型中的分数。所述分数基于所述测试样本中与所述CpG位点相重叠的所述多个片段的一数量。所述系统将所述测试特征向量输入到所述经训练的模型中。所述经训练的模型具有一函数，其基于所述测试特征向量和一分类参数组生成一癌症预测。所述测试样本的所述癌症预测可以包含对于每个癌症类型的一癌症预测值，所述癌症预测值描述所述测试样本属于一特定癌症类型的可能性。
异常片段检测分类

[发明专利]甲基化标记和标靶甲基化探针板-CN201980077666.8在审
发明人： 萨缪尔·S·格罗斯;奥利弗·克劳德·维恩;塞德梅迪·肖吉;约翰·F·博桑;阿拉什·詹姆席狄 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2019-09-27 - 公布日： 2021-08-20 - 主分类号： C12N15/11 文献下载
摘要：本发明提供了一种用于多个癌症特异性甲基化模式的标靶检测的癌症化验板。本发明还提供了包含设计、制造和使用供诊断癌症的所述癌症化验板的多种方法。
甲基化标记探针

[发明专利]用于癌症侦测的多重化验预测模型-CN201980034823.7在审
发明人：厄尔·哈贝尔;萨缪尔·S·格罗斯;达莉亚·菲利波娃;沈翎;奥利弗·克劳德·维恩;亚历山大·韦弗·布罗克;张楠;塔拉·马妲拉;亚历克斯·阿尔法尼斯;刘勤文;安东·瓦卢耶夫;弗吉尔·尼古拉;理查德·T·威廉斯 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2019-04-15 - 公布日： 2021-01-08 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：一种预测性癌症模型，通过分析一个或更多个类型的特征的数值而产生对感兴趣的一个体的一癌症预测。所述特征是衍生自获得自所述个体的cfDNA。特定地，来自所述个体的cfDNA被以一个或更多个物理化验定序，以产生数个序列读数。所述物理化验的数个示例包括一小变异定序化验、全基因组定序化验及甲基化定序化验。所述数个物理化验的所述数个序列读数经由对应的计算机分析处理，以产生数个小变异特征、数个全基因组特征及数个甲基化特征中的每个。数个特征的所述数值可以被提供至产生一癌症预测的一预测性癌症模型。在一些实施例中，不同类型的数个特征的所述数值可以被分离地提供至不同的数个预测性模型中。每个分离的预测性模型可以输出一分数。所述分数可以作为进入一总体模型的输入，所述总体模型输出所述癌症预测。
用于癌症侦测多重化验预测模型

[发明专利]异常的片段检测及分类-CN201980023723.4在审
发明人： 萨缪尔·S·格罗斯;康斯坦丁·达维多夫 -专利权人：格里尔公司
申请日： 2019-03-13 - 公布日： 2020-11-24 - 主分类号： C12Q1/6827 文献下载
摘要：本发明公开一分析系统，其建立一数据结构，所述数据结构对来自一健康对照组的甲基化载体的字符串进行计数。所述分析系统列举来自一受试者的一样品片段给定甲基化状态载体的可能性，并使用马尔可夫链概率计算所有可能性的概率。所述分析系统通过将计算出的概率相加而获得针对受试者的测试甲基化状态载体的p值分数，所述概率小于或等于与测试甲基化状态载体相匹配可能性的经计算的概率。倘若p值分数低于一阈值分数，则分析系统确定相较于健康对照组，测试甲基化状态载体是异常的甲基化。利用多个此等样品片段，分析系统可基于各个p值分数以过滤样品片段。分析系统可在过滤后的集合上运行一分类模型，以预测受试者是否罹患癌症。
异常片段检测分类

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