本发明公开一种亚胺还原酶突变体、重组基因工程菌及其在(R)‑2‑甲基吡咯烷合成中的应用。所述亚胺还原酶突变体以SEQ ID NO.1所示氨基酸序列的野生型亚胺还原酶IR23为模板,第249位缬氨酸突变获得的突变体V249T,第249位缬氨酸和第224位色氨酸突变获得的突变体V249T/W224F。本发明通过半理性设计的分子改造方法,显著提高了亚胺还原酶催化环状亚胺2‑甲基吡咯啉生成相应环状胺的能力。突变体V249T/W224F催化2‑甲基吡咯啉时,底物转化率为93.3%,与野生型相比提高了49.8%。本发明有效提高了亚胺还原酶不对称合成手性胺的能力,对手性胺化合物的绿色催化合成具有重要意义。