本发明提供一种番茄抗晚疫病基因SlPROPEP的克隆及其与小肽SlPep的应用,番茄抗晚疫病基因SlPROPEP的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示,其编码的小肽SlPep前体蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO:3所示,小肽SlPep来源于SEQ ID NO:3的C末端,如SEQ ID NO:1所示。本发明构建了SlPROPEP的重组表达载体,SlPep前体蛋白的编码基因SlPROPEP的过表达,可以实现对番茄晚疫病抗性基因的调控,SlPROPEP的过表达可以提高植物体内抗病蛋白PR的转录积累,PR蛋白可直接影响植株的抗病性。另外,小肽SlPep通过喷施番茄植株,可增强番茄免疫,提高番茄植株对致病疫霉的抗性,这有助于番茄抗药性的保护和番茄产业的发展。而且小肽SlPep可提高植物体内抗病蛋白PR的转录积累,PR蛋白可直接影响植株的抗病性。