本申请提供了一种能够识别、结合多种类型的多糖类物质的碳水化合物结合结构域PcFn3及其制备方法和应用。所述结构域PcFn3的氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示。所述的结构域PcFn3,可以同时识别结合木聚糖、阿拉伯木聚糖、壳聚糖、纤维素等多种不溶性的多糖底物,能够为酶的融合和固定化提供新的选择,不但有更多可选择的基质,还可能以混合多糖作为基质,具有潜在的巨大应用前景。将结构域PcFn3融合到特定酶的N端或C端,构建相应的工程酶;通过构建融合酶实现相应糖苷水解酶与底物的结合能力的增加进而提升活力。将结构域PcFn3用于构建融合蛋白,不但显著提升目标蛋白的稳定性,还可以实现蛋白质的纯化或重复使用,具有广泛的应用前景。