[发明专利]一种地方鸡遗传资源保护与品种鉴定的液相芯片及其应用

说明书

本发明公开了一种地方鸡遗传资源保护与品种鉴定的液相芯片及其应用，涉及家禽遗传资源保护、评价与鉴定领域。本发明选取26个代表性地方鸡资源，融合公共数据库中原鸡序列信息；基于资源保护与品种鉴定重点应用方向，优选在染色体上分布均匀的位点23K，研发出地方鸡遗传资源保护与品种鉴定液相芯片“酉芯一号”，其具有目标区域数据覆盖度和均一性好、基因分型检出率高、芯片数据升级灵活等特点，极大地降低了基因组分型成本，有利于芯片的规模化应用；尤其是芯片数据分析方法标准化，显著提升了地方鸡资源评价与鉴定的准确性、科学性。

技术领域

本发明涉及家禽遗传资源保护、评价与鉴定领域，特别是涉及一种地方鸡遗传资源保护与品种鉴定的液相芯片及其应用。

背景技术

我国是世界上家禽遗传资源最为丰富的国家之一，由于多样化的地理生态环境，经过长期的驯养和选择，形成了丰富多彩的地方鸡品种资源，现有地方鸡品种115个(《国家畜禽遗传资源品种名录(2021年版)》)，这些优良品种及其蕴含的巨大基因资源是种业创新和产业可持续发展的重要物质基础。

各级政府历来重视资源保护，由于品种数量多、分布广，我国地方鸡品种资源实行分级保护，主要采用“原产地(保种场)保护”和“异地(基因库)保护”两种活体保护方式。目前，28个鸡种被列入国家重点保护品种名录，建有国家级鸡保种场24个、国家级鸡基因库3个，各省(自治区、直辖市)也建成了一定数量的保种场。但是，长期以来我国各级地方鸡保种场、基因库保种效果评价方法各异，包括常规表型数据(生长性能、繁殖性能、肉蛋品质等)比较分析、利用系谱记录或微卫星DNA、线粒体mtDNA等分子标记计算遗传统计量，但常规表型数据易受环境、批次及营养水平影响且可用的指标较少，FAO推荐的鸡微卫星DNA标记约30对，mtDNA序列长度也仅约1200bp，其所代表的基因组信息极为有限，导致难以在统一的标准尺度下科学评价群体状况和变化。同样，在品种鉴定上，由于地方鸡种间普遍存在无序杂交利用，加之国外品种的冲击，部分品种已严重杂化，因此，如何精准鉴定地方鸡种资源亦是迫切需要解决的难题。

随着高通量测序技术的快速发展，已实现全基因组水平的单核苷酸多态变异(SNP)的高通量检测，并基于不同研究目标发展出多种测序策略，包括全因组重测序、简化基因组测序、外显子测序等。利用基因组测序技术筛选出目的SNP位点集，并设计探针研制芯片，是实现基因组SNP高通量分型的高效手段。当前，国内现已发布了两款鸡育种专用芯片，“京芯一号”和“凤芯一号”，其位点设计主要是考虑繁殖、肉蛋品质、饲料转化率、抗病抗逆等育种上重要经济性状相关功能基因效应位点；国外商业化鸡芯片是基于国外品种资源及近交系基因组信息，主要也是用于品种选育；地方鸡遗传资源保护与品种鉴定专用芯片一直是空白。

发明内容

本发明的目的是提供一种地方鸡遗传资源保护与品种鉴定的液相芯片及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，该液相芯片能够显著提升地方鸡资源评价与鉴定的准确性和科学性，为地方鸡遗传资源保护和精准鉴定提供了有力的核心技术支撑和保障。

为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

本发明提供一种用于地方鸡遗传资源保护与品种鉴定的SNP位点组合，包括表2所示的SNP位点。

本发明还提供上述的SNP位点组合在制备地方鸡遗传资源保护与品种鉴定的液相芯片中的应用。

本发明还提供一种地方鸡遗传资源保护与品种鉴定的液相芯片，所述液相芯片包括一种探针组合，所述探针组合用于鉴别上述的SNP位点组合中各SNP位点的基因型。

本发明还提供上述的SNP位点组合或液相芯片在地方鸡遗传资源保护或品种鉴定中的应用。

本发明还提供一种地方鸡遗传资源保护评价方法，包括以下步骤：

(1)获取待检鸡个体的基因组DNA；

(2)以所述基因组DNA为基础，构建得到测序文库；