[发明专利]用于猪增重速度评估的SNP分子标记、筛选方法和应用

说明书

本发明涉及一种用于猪增重速度评估的SNP分子标记、筛选方法和应用，涉及分子遗传学技术领域。该SNP分子标记为猪1号染色体的rs81349297位点。该SNP分子标记不同基因型的猪增重速度有极显著的差异，通过检测该分子标记能够早期、快速、低成本、有效的预测猪生长速度，在猪种改良方面具有广阔的应用前景，并能够取得优异的经济价值。

技术领域

本发明涉及分子遗传学技术领域，特别是涉及一种用于猪增重速度评估的SNP分子标记、筛选方法和应用。

背景技术

我国是一个养猪和猪肉消费大国。猪肉消费量常年居于肉制品之首。市场对于猪肉产量和质量的需求日益增加，提高猪肉产量、改善猪肉胴体质量，是育种科学家长期以来不断探索的工作。早期的育种工作主要是基于猪的表型进行选择，可靠性低，导致遗传进展相对缓慢。随着遗传标记的广泛开发和育种新技术的不断推陈出新。分子标记辅助选择育种，是在分子水平上对目标性状进行选择，可以不受环境影响，通过遗传背景选择，减少连锁累赘，从而加速育种过程及精准度。因此，分子标记辅助选择正逐渐成为可靠而有效的选择方法。同时，猪达115kg体重日龄(AGE)直接与猪的生长性能相关，因此，研究猪的达115kg体重日龄，在育种中具有重要的研究意义。

分子标记(Molecular Markers)，指可遗传并可检测的DNA序列。目前，广泛应用的第三代分子标记为单核苷酸多态性(SNP)，SNP是指基因组上单个核苷酸的变异，包括转换、颠换、插入和缺失。SNP在基因组上分布广泛，数量多，遗传稳定性高，更适合用于对复杂性状与疾病的遗传解剖以及基于群体的基因识别等方面的研究。同时，由于SNP具有二态性，且单个SNP位点突变率低，易于通过芯片技术实现自动化和规模化检测。因此，SNP广泛应用于基因组分析、生物信息自动化检测、简单和复杂疾病的遗传研究、畜牧育种标记及全球种族遗传学等研究。

发明内容

针对上述问题，本发明提供一种用于猪增重速度评估的SNP分子标记，该SNP分子标记不同基因型的猪增重速度有极显著的差异，通过检测该SNP分子标记能够早期、快速、低成本、有效的预测猪生长速度，在猪种改良方面具有广阔的应用前景，并能够取得优异的经济价值。

为了达到上述目的，本发明提供一种用于猪增重速度评估的SNP分子标记，所述SNP分子标记为猪1号染色体的rs81349297位点。

本发明人利用基因芯片检测技术对猪群体进行GWAS研究，快速筛选到影响猪增重速度的有意义的SNP分子标记rs81349297，为猪的标记辅助选择育种提供有利的理论依据，该SNP分子标记不同基因型的猪增重速度有极显著的差异。

在其中一个实施例中，所述SNP分子标记位于猪1号染色体161853405bp位置，所述猪1号染色体161853405bp位置的多态性为T或C，猪参考基因组为Ensembl Sscrofa 11.1。

在其中一个实施例中，当所述SNP分子标记为T，则提示待评估猪的增重速度快，当所述SNP分子标记为C，则提示待评估猪的增重速度慢。

在其中一个实施例中，所述增重速度指达115公斤体重日龄。

本发明还提供了一种用于评估猪增重速度的基因序列，该基因序列包含所述SNP分子标记位点的上下游20-100bp的序列片段。

在其中一个实施例中，所述基因序列如下所示：

TCTTGTTTTTTTTTTAACTTGCAAGAGCTCCTCATTATTGTATATATTGGCCTTTGTCTA(SEQ IDNO:1)-E-CTGAGTCATTGAAAAAACTTACTCTGGAGTTGCTATTGTGGCTCAGCGTAACAAATCCAA(SEQ IDNO:2)，其中E为所述SNP分子标记的位点。

本发明还提供了一种用于评估猪增重速度的检测试剂盒，包括用于检测所述SNP分子标记的试剂，或包括用于检测所述基因序列的试剂。