[发明专利]一组基因的突变数量作为前列腺癌生物标志物的检测应用

说明书

本发明涉及一组基因的突变数量作为前列腺癌生物标志物中的检测应用。本发明发现血浆cfDNA中TP53、AR、ATM、MYC、APC、CTNNB1、FGFR2、PIK3CA、SPOP、AKT1、ARAF、ARID1A、BRAF、BRCA1、C11orf65、GNAS、IDH1、KRAS、MET、MYD88、NTRK1、VHL、CDK4、EGFR、NF1、RB1和SMAD4基因中突变基因的数量与前列腺癌转移状态和分期相关，可以通过检测该组基因中突变基因的数量评估患者的前列腺癌转移状态和分期。本发明相比于组织活检诊断具有非侵入性、便捷迅速的优点，为前列腺癌的临床诊断提供了一种全新的手段。

技术领域

本发明涉及生物医学领域，具体地说，涉及一组基因的突变数量作为前列腺癌生物标志物的检测应用。

背景技术

前列腺癌是男性最常见的恶性肿瘤之一。美国癌症协会估计，到2020年，新诊断的前列腺癌病例为191,930例，占男性肿瘤的20％，在男性癌症中排名第一；死亡33,330例，在男性癌症中排名第二。前列腺癌通常在早期是无症状的，并且大多通过PSA的血液测试来诊断，并结合磁共振成像(magnatic resonance imaging,MRI)和直肠指检。PSA是一种已广泛使用20多年的生物标志物，但是，血清PSA是器官特异性而不是癌症特异性，并且PSA水平也会随着良性前列腺增生和前列腺炎而升高。据报道，检测前列腺癌的特异性仅约30％。另外，用于分析原发性和转移性病变的组织活检是有效的，但具有侵入性，并且受单个病变异质性的限制。因此，迫切需要用于前列腺癌的早期诊断、预防和治疗的替代生物标志物。

作为组织活检的替代方法，1974年首次描述了液态活检，以研究关节腔中滑液对滑膜炎的诊断价值。近年来，液态活检已通过分析血液样本中的循环的肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)来预测治疗的反应性、耐药性和疾病复发。通常，肿瘤细胞会不断脱落在患者体内，释放出可能进入血液循环的DNA和蛋白质等细胞成分。因此，来自肿瘤患者的外周血可能含有ctDNA和携带肿瘤基因组信息的循环肿瘤细胞(circulatingtumor cell,CTC)，这些信息可能反映了肿瘤的负荷和进展。

先前的研究表明，原发组织和ctDNA具有相同的体细胞变化，这表明ctDNA可用于转移性去势敏感性前列腺癌的分子亚型分析。此外，据报道，在大多数转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)病例中，ctDNA分析足以识别匹配组织中出现的所有驱动程序DNA改变，这表明仅基于ctDNA分析即可指导mCRPC患者的治疗。一般来说，在实践中，液态活检分析可以指导雄激素受体(androgen receptor,AR)靶向治疗的使用。最有趣的是，还可以在尿液中检测到DNA片段。尿液上清液中Y染色体SRY基因片段的检测最早报道于1999年，这表明了基于尿液的DNA生物标记物的潜在用途。十年后，在肾脏中从尿液中检测出经肾脏过滤的经肾DNA(transrenal DNA,tr-DNA)，并确认其为无细胞DNA(cell-free DNA,cfDNA)。由于采集尿液分析肿瘤DNA是无创的，因此对患者更加友好。

液态活检已越来越多地用于临床。但是，基于血液的ctDNA和尿ctDNA的诊断价值尚未得到充分验证。也未能确定循环核酸是否可以用作一般性前列腺癌的生物标志物。更未见利用如本申请所述的一组循环核酸基因作为前列腺癌生物标志物的相关报道。

发明内容

本发明的目的是针对现有技术中的不足，提供一组基因的突变数量作为前列腺癌生物标志物的检测应用。

第一方面，本发明提供了一组试剂在制备评估前列腺癌转移状态的试剂盒中的应用，所述试剂用于检测血浆cfDNA中TP53、AR、ATM、MYC、APC、CTNNB1、FGFR2、PIK3CA、SPOP、AKT1、ARAF、ARID1A、BRAF、BRCA1、C11orf65、GNAS、IDH1、KRAS、MET、MYD88、NTRK1、VHL、CDK4、EGFR、NF1、RB1和SMAD4基因中发生突变的位点的数量，其中，当基因存在以下任一或几种突变时被认为所述基因的位点发生了突变：