[发明专利]脑卒中多基因遗传风险综合评分的构建方法与装置及应用

说明书

本发明提供了一种脑卒中多基因遗传风险综合评分(metaPRS)的构建方法与装置及应用。本发明的脑卒中多基因遗传风险综合评分的构建方法包括：筛选与脑卒中相关或与脑卒中相关表型相关的SNP的集合；检测个体的待测SNP的基因型；从全基因组关联研究结果中分别提取所测SNP对应于多个亚表型的危险等位基因、效应值及P值，构建多个候选亚表型PRS并筛选最佳亚表型PRS；确定各个亚表型PRS的权重；将亚表型PRS的权重转化为SNP水平的权重；构建脑卒中多基因遗传风险综合评分metaPRS；评价metaPRS对脑卒中风险预测和分层的作用。本发明对于评估脑卒中发病风险具有重要意义。

技术领域

本发明是关于一种脑卒中多基因遗传风险综合评分(metaPRS)的构建方法与装置及其应用。

背景技术

脑卒中死亡是全球主要的健康威胁之一。据估计，全球25岁以上成人脑卒中终生风险约为25％，其中东亚人群风险最高，达到39％。在中国，脑卒中是居民死亡的主要原因，2017年脑卒中死亡人数达207万。因此，尽早识别高危人群，针对主要危险因素(例如高血压，糖尿病，血脂异常等)进行健康生活方式管理和药物干预对于中国乃至全球的脑卒中一级预防具有重要意义。

脑卒中是由遗传和环境因素共同引起的复杂疾病。全基因组关联研究(Genome-wide associationstudy,GWAS)已确定至少42个与脑卒中相关的遗传易感基因，以及上百个与脑卒中相关表型有关的遗传基因，包括血压、2型糖尿病(type 2 diabetes,T2D)、血脂水平、体质指数(body mass index,BMI)、房颤(atrialfibrillation,AF)等。整合这些遗传变异构建脑卒中多基因遗传风险评分(Polygenic risk score，PRS)将有助于开展心血管疾病早期风险预测进而指导一级预防。

然而，现有脑卒中多基因遗传风险评分的评估准确性有待提高。

此外，几乎所有现有遗传评分都是基于欧洲人群构建(Stroke 2014；45:394-402，Stroke 2014；45:403-412，Stroke 2014；45:2856-2862，BMJ 2018；363:k4168，JAMAcardiology 2018；3:693-702，Nat Commun 2019；10:5819)，而脑卒中的流行病学特征因国家而异，与西方人群相比，东亚人群特别是中国人群的脑卒中发病率和出血性脑卒中事件比例要高得多。现有的基于欧洲人群构建的脑卒中多基因遗传风险评分并不适用于东亚人群。

因此，构建东亚人群脑卒中PRS并在前瞻性队列人群中严格评估其遗传风险预测价值至关重要。

发明内容

本发明的一个目的在于提供一种脑卒中多基因遗传风险评分的构建方法。

本发明的另一目的在于提供一种构建脑卒中多基因遗传风险评分的装置。

一方面，本发明提供了一种脑卒中多基因遗传风险评分的构建方法，其是一种脑卒中多基因遗传风险综合评分的构建方法，该方法包括步骤：

(1)筛选与脑卒中相关或与脑卒中相关表型相关(达到全基因组显著关联)的单核苷酸多态性位点(SNP)的集合；

(2)基于步骤(1)中的单核苷酸多态性位点进行基因分型；

(3)从全基因组关联研究结果中分别提取所测SNP对应于多个亚表型的危险等位基因、效应值及P值，构建多个候选亚表型PRS并筛选最佳亚表型PRS；其中，所述多个亚表型包括：脑卒中，冠心病，2型糖尿病，房颤，收缩压，舒张压，平均动脉压，脉压，体质指数，腰围，总胆固醇，低密度脂蛋白胆固醇，甘油三酯和高密度脂蛋白胆固醇；

(4)确定各个亚表型PRS的权重；

(5)将亚表型PRS的权重转化为SNP水平的权重；