[发明专利]一种牛SEPT7基因插入/缺失突变的检测方法及其应用

说明书

本发明公开了一种牛SEPT7基因插入/缺失突变的检测方法及其应用。以牛全基因组DNA为模板，通过PCR扩增牛SEPT7基因部分片段，应用琼脂糖凝胶电泳鉴定个体SEPT7基因9‑bp插入突变的基因型。根据性状关联分析结果，SEPT7基因9‑bp插入突变位点的基因型与母牛的繁殖性状显著相关。因此，SEPT7基因9‑bp插入突变位点可用于母牛繁殖性状的早期标记辅助选择，以加快建立遗传资源优良的牛群体。

技术领域

本发明属于生物技术与家畜育种技术领域，涉及一种牛SEPT7基因插入/缺失突变的检测方法及其应用。

背景技术

牛作为主要的家畜有多种用途，肉用和产奶等，其中，如何提高肉牛的肉质是一直备受关注的问题。近年来，除了提高合理饲养和管理意识，科研人员更加重视从基因层面上对肉牛进行筛选来提高肉牛的产量和品质。随着分子标记辅助选择技术的不断发展，利用特定基因的DNA标记位点对牛进行筛选进而提高肉牛品质已取得突破性进展。但与此同时，却忽视了对牛繁殖性能的提高，造成了牛繁殖性能仍处于较低水平的状况。根据Norman等的研究，奶牛的首次受孕率仅为39％-52％甚至更低。同样的问题也出现在其他品种、用途的牛上。

作为雌性生殖系统中最重要的器官，卵巢具有产生卵子和分泌雌激素等作用。故卵巢的形态以及功能一定程度上反映了繁殖性能。在一定范围内，卵巢各类性状如长、宽、高、重量等数值越大，代表其具有容纳更多的卵泡的可能，其中生殖腺体数量也可能越多，进而表明个体具有更强的繁殖性能。

分子标记辅助选择(Marker-assisted Selection，MAS)在动物育种中广为应用，可以显著提高选择的准确性和选择效率。分子标记辅助选择可以从分子水平上快速准确地分析个体的遗传组成，从而实现对基因型的直接选择，及进行分子育种。插入/缺失(InDel)突变作为一种重要的分子遗传标记，具有分布广、密度高、数量多、检测方便等优点。且与其它变异相比，InDel多态性更容易通过PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳技术直接被鉴定。随着比较基因组学的深入研究，InDel多态性为理论研究和遗传育种应用提供了大量的生物信息，其作为遗传学鉴定标记，多集中在人类基因组研究中，反刍动物繁殖性状的选育方面的InDel标记的研究和应用甚少。

SEPT7基因属于SEPTIN基因家族，具有鸟苷三磷酸酶活性。在SEPTIN基因家族的众多成员中，SEPT7作为精源miR-202的靶基因，在细胞胞质分裂中发挥重要作用。但目前尚未见到研究SEPT7基因变异位点与牛繁殖性状的关系的报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一种牛SEPT7基因插入/缺失突变的检测方法及其应用，通过简单、快速、低成本、精确地对插入/缺失(InDel)多态性位点进行分型，可以快速建立优良繁殖性状的遗传资源群体，加速对牛优良繁殖性能的选育

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种牛SEPT7基因InDel多态性的检测方法，包括以下步骤：

以待测牛个体基因组DNA为模板，利用PCR扩增包含SEPT7基因内含子区InDel多态性位点的片段，将扩增产物进行电泳，根据电泳结果鉴定该个体InDel多态性位点的基因型；所述InDel多态性位点选自牛SEPT7基因NC_037331.1:g.12317-12318位9-bp插入突变位点。

优选的，所述PCR的扩增引物对为：

上游引物：5’-CTGAGCCCTTTACTGATCTC-3’

下游引物：5’-GTTTTGCTAACCACAGATACAC-3’。

优选的，所述PCR采用的反应程序为：95℃预变性5min；94℃变性30s，68℃退火30s，72℃延伸20s，18个循环，每循环后退火温度减1℃；94℃变性30s，50℃退火30s，72℃延伸20s，25个循环；72℃延伸10min；所述电泳采用质量浓度为2.5％的琼脂糖凝胶。