[发明专利]一种靶向捕获遗传性耳聋基因序列的方法及测序方法

说明书

本申请涉及生物技术领域，具体提供一种靶向捕获遗传性耳聋基因序列的方法及测序方法，包括：制备靶向捕获遗传性耳聋基因外显子序列正负链的捕获膜，所述遗传性耳聋基因包括CDH23、COL11A1、DSPP、MYO7A、OTOF、PCDH15、MT‑RNR1、MT‑TL1、MT‑TS1、MYO15A、SLC26A4、DFNA5、GJB2、GJB3、KCNJ10、SOX10、TCOF1、WFS1、DFNB59、USH1G、TMC1、DFNB31；将片段化后的人基因组样品，构建为应用于高通量测序的核酸文库；将所述核酸文库进行变性处理，变性处理后的核酸文库与所述的捕获膜在杂交条件下进行杂交，形成目标核酸分子‑捕获膜复合物；用清洗液清洗所述目标核酸分子‑捕获膜复合物，然后再用洗脱液从捕获膜上洗脱、并纯化经富集后，获得遗传性耳聋基因序列。本发明能遗传性耳聋基因型鉴定准确率的提高，快速便捷。

技术领域

本申请涉及生物技术领域，尤其涉及一种靶向捕获遗传性耳聋基因序列的方法及测序方法。

背景技术

随着第二代测序的发展，基因组测序成为了高通量、高深度鉴定相关位点变异，进而识别潜在疾病的最主要手段，同时在科研上具有广泛的应用。高通量测序可直接获得大量相关位点变异信息，对于精准医疗具有重大意义。

DNA靶向富集技术应用到高通量测序，可将基因组目标区域或感兴趣的目标核酸富集后，提高靶区域所占比例。因此，通过DNA靶向富集技术，富集特定疾病相关目标区域，如人外显子组，或者遗传性耳聋基因，可大幅降低测序成本，潜力巨大。如外显子组测序，仅实现约占人基因组全长的1％-2％左右的序列的测序，通过捕获后测序，获得外显子区域的序列信息，相较于全基因组测序，成本降低50-100倍。而对遗传性耳聋基因区域进行捕获，富集出占全基因组0.2％左右的遗传性耳聋基因序列，则大幅降低测序成本。

基于靶向捕获的遗传性耳聋基因分型技术，目前有基于固相载体芯片的富集与基于固相载体磁珠的富集技术。用于核酸杂交的固相载体如玻璃、平板、平皿、微球等均需对固相载体进行修饰后，方可特异性结合核酸，如磁珠，需要对磁珠进行修饰后，进而特异性结合核酸。但核酸的结合具有方向性，所能结合的探针量较低，如目前市场化的基于磁珠靶向核酸分子富集产品，其中某一产品的特性为每毫克磁珠可结合20微克双链DNA，而每毫克磁珠价格在240元左右，成本较高。同时，由于靶向富集技术的不同，造成探针量、探针来源和探针制备方法等也不同，不仅会造成对目标核酸多样性造成影响，同样会对成本造成影响。

已有报导的其他通过富集技术对遗传性耳聋基因鉴定的方法，均需通过人工合成的方式，合成经修饰的单链核酸探针，同时制备经修饰的固相载体。其富集过程也多为先形成核酸探针：靶核酸复合体，再通过核酸复合体：载体富集，获得富集后的靶核酸序列。复合体与载体的结合，则通过核酸探针与固相载体的修饰基团，因此，不可避免的进行探针修饰与固相载体特定基团包被等，故而提高捕获成本，造成步骤的繁琐。

发明内容

本申请实施例的目的是提供一种靶向捕获遗传性耳聋基因序列的方法及测序方法，以解决相关技术中存在的靶向捕获成本较高、捕获多样性低的问题。

为了达到上述目的，根据本发明实施例的第一方面，一种靶向捕获遗传性耳聋基因序列的方法，所述方法包括：

1)制备靶向捕获遗传性耳聋基因外显子序列正负链的捕获膜，所述遗传性耳聋基因包括CDH23、COL11A1、DSPP、MYO7A、OTOF、PCDH15、MT-RNR1、MT-TL1、MT-TS1、MYO15A、SLC26A4、DFNA5、GJB2、GJB3、KCNJ10、SOX10、TCOF1、WFS1、DFNB59、USH1G、TMC1、DFNB31；

2)将片段化后的人基因组样品，构建为应用于高通量测序的核酸文库；

3)将所述核酸文库进行变性处理，变性处理后的核酸文库与所述的捕获膜在杂交条件下进行杂交，形成目标核酸分子-捕获膜复合物；