[发明专利]一种ATAC-seq测序文库的构建方法

说明书

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种ATAC‑seq测序文库的构建方法。本发明提供的ATAC‑seq测序文库的构建过程主要包括细胞裂解提取细胞核，转座反应及纯化，PCR富集及纯化，文库质检及上机等过程。本发明提供的ATAC‑seq测序文库适用于细胞、动物、植物组织，操作简单方便，所需的细胞数量少且测序通量高。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种ATAC-seq测序文库的构建方法。

背景技术

众所周知，大多数基因组中的染色质是紧密盘绕在细胞核内的，仅有一小部分区域比较松散，这部分无核小体的裸露DNA区域称为开放染色质(open chromatin)，DNA复制和基因转录往往在这些区域发生。ATAC-seq(Assay for Transposase-AccessibleChromatin with high-throughput sequencing，染色质易开放区测序)是利用Tn5转座酶切割染色质开放区，并加上测序引物进行高通量测序，通过生物信息分析鉴定转录因子结合位点和核小体区域位置，从而为研究基因调控、DNA印记等提供有效的方法。获得处于开放状态的DNA序列可用于研究基因表达的调控机制，是表观遗传学研究的热点，ATAC-seq则是这类研究的最佳利器。

目前，大多数ATAC-seq测序实验对细胞起始量有一定的要求，一般要求的起始量都是50000个细胞，但是不同生物50000个细胞所含有的DNA量不尽相同，这就需要对提取的细胞核进行染色并用荧光显微镜进行定量。常用的细胞核染色剂DAPI具有致癌性，且荧光显微镜价格昂贵，不是每个实验室都具有的。用荧光显微镜进行计数，对于样本量大的，需要耗费大量的人力成本和时间。

中国专利申请CN109897885A公开了一种适用于细胞系和动物组织ATAC-seq测序技术的文库构建方法，该方法适用于细胞系和动物组织，可以直接通过DNA含量进行定量操作，然而，这种方法制得的ATAC-seq文库仅适用于DNA量在100ng-1000ng的条件，且这种方法不适用于植物组织。

综上所述，样本量较大时，现有技术中普遍存在耗费大量的人力成本和时间，适用范围窄，对DNA质量要求高的缺点。

发明内容

本发明的目的是针对现有技术中普遍存在的缺点，提供一种ATAC-seq测序文库的构建方法。本发明提供的ATAC-seq测序文库操作方法简单，适用范围广泛，对细胞样本和动物、植物组织样本均适用，且对DNA量无要求。

为了达到上述目的，本发明采用的技术方案为：

一种ATAC-seq测序文库的构建方法，包括如下步骤：

S1、细胞裂解提取细胞核；

S2、转座反应及纯化；

S3、PCR富集及纯化；

S4、文库质检及上机。

优选地，步骤S1中所述细胞裂解细胞核的提取过程为：对于细胞样本，复苏解冻细胞，进行细胞裂解提取细胞核；对于动物、植物组织样本，制备细胞悬液并进行细胞裂解提取细胞核。

优选地，步骤S1所述细胞裂解细胞核的具体过程为：对于细胞样本，要将样品置于37℃水浴中进行复苏解冻，500rpm，4℃，离心5min，置冰上，小心吸弃上清，接着加裂解液重悬细胞，500rpm，4℃，离心5min；对于动物、植物组织样本，则取约30-50mg组织液氮下研磨成粉末，置于2mL EP管中，迅速加入重悬液，充分重悬粉末，冰上孵育10min；40uM细胞筛过滤，吸取滤液1-1.5mL于新的无菌2mL EP管中，500rpm，4℃，离心5min，弃上清保留沉淀；重悬沉淀，加碘克沙醇溶液混匀，摆动式离心机1000rpm，4℃，离心20min，弃上清，再加入重悬液，轻轻吹吸混匀即可。