[发明专利]用于鉴定沪玉糯3号糯玉米的SNP分子标记及其应用

说明书

用于鉴定沪玉糯3号糯玉米的SNP分子标记及其应用，包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的分子标记SNP1、核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的分子标记SNP2、核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的分子标记SNP3、核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的分子标记SNP4、核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示的分子标记SNP5和/或核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示的分子标记SNP6；该SNP分子标记为简单、快速、高效准确鉴定‘沪玉糯3号’的真实性奠定技术基础，同时为‘沪玉糯3号’基于分子生物学技术的深入研究提供了序列和SNP位点信息。

技术领域

本发明属于生物鉴别技术领域，具体涉及用于鉴定沪玉糯3号糯玉米的SNP分子标记及其应用。

背景技术

糯玉米(Zea mays L.var.ceratina Kulesh)是玉米属的一个亚种，富含支链淀粉、以及蛋白质、赖氨酸、色氨酸等营养物质、适口性良好，具有宝贵的应用价值和广泛的用途，是广受欢迎的食品和工业原料，具有较高的经济价值。

近年来，我国种业市场迅速发展的同时，也随之出现了制售假劣种子、种子混杂及套牌侵权等违法行为，造成了种子市场的混乱，严重侵害了农民的利益，影响了我国种业的健康可持续发展。因此，加强对玉米杂交种的真实性和纯度监管显得非常必要。

传统的表型鉴定工作量大，周期长，受环境影响大，且受季节限制，不利于种子营销工作的开展；而同工酶和种子贮藏蛋白鉴定多态率低，重复性差，以上方法均已无法满足玉米品种真实性鉴定的需要。

随着分子生物学技术的日益成熟，利用分子生物学技术从基因组水平上对糯玉米种质资源进行基因型分析，开发可用于特异性分析的分子标记，对提高糯玉米种质资源的利用效率、发掘优异基因、促进分子标记辅助选择育种技术的应用和发展具有重要意义。

SNP(single nucleotide polymorphism)是指由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP分子标记具有分布广泛、遗传稳定、可高通量自动化检测等优势。SNP在玉米基因组中分布广泛，平均约每60.8bp就存在一个SNP，这为玉米高通量基因型鉴定、遗传多样性分析、高密度遗传图谱构建、群体遗传结构分析以及连锁不平衡程度估计等研究中SNP标记的开发和应用提供了遗传学基础。

近年来，SNP标记作为第三代分子标记技术已在玉米研究中广泛应用于遗传多样性分析、遗传基础分析、重要性状的基因定位、辅助育种以及品种鉴定等领域。目前，主要利用SNP芯片技术和测序技术对SNP位点进行大规模、高通量的基因型数据分析。SNP芯片平台由于标记位点不能自由组合，灵活性稍差；而全基因组测序技术由于分析数据量大，存在着检测费用昂贵的问题。

RAD(Restriction Association site DNA)技术是一种广泛应用的简化基因组测序技术，其通过限制性内切酶降低测序物种基因组复杂程度、反映部分基因组序列结构信息。2b-RAD(type IIB endonucleases RAD)是基于IIB型限制性内切酶的RAD测序技术，具有文库构建简单快速、重复性和标签代表性高、成本低廉、基于混合泊松分布模型的denovoSNP分型新算法(iML)使假阳性率得到较大幅度降低等优势。

目前，2b-RAD测序技术已被应用于对金枪鱼(Thunnus albacares)、扇贝(Patinopecten yessoensis)、拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)、小麦(Triticumaestivum L.)、玉米(Zea mays L.)等物种的基因分型、高精度连锁图谱构建、群体遗传结构分析等研究中都得到了应用。

相比之下，在玉米(Zea mays L.)中2b-RAD测序技术应用得还较少，玉米中不同亲缘关系的自交系间基因组组成和结构差异都很大，而对所有供试玉米材料进场重测序的成本很高；且由于玉米基因中的非编码高度重复序列的比例很大，也造成重测序后的组装难度大。