[发明专利]丙型肝炎病毒(HCV)的测定

说明书

本公开涉及用于扩增和检测样品中的人丙型肝炎病毒(HCV)的方法、试剂盒和组合物，其包含正向寡核苷酸引物、反向寡核苷酸引物和寡核苷酸探针的多种组合。本公开采用双探针方法，并且该引物和探针结合至5′‑非编码区(UTR)的保守区。

相关申请的交叉引用

本申请要求2017年10月3日提交的美国临时专利申请No.62/567,630的权益，其通过引用并入本文。

电子提交材料通过引用的合并

通过引用整体并入本文的是计算机可读的核苷酸/氨基酸序列表，其与本文同时提交并且标识如下：一份4,968字节ASCII(文本)文件，命名为“36071WO1ORD_ST25.txt”，其于2018年10月3日创建。

背景技术

如今，丙型肝炎病毒(HCV)被认为是与输血相关的非甲型、非乙型(NANB)肝炎的主要原因。HCV是一种单链阳性RNA病毒，与黄病毒和瘟病毒相似(Miller R.H.和PurcellR.H.，Proc.Natl.Acad.Sci.，87：2057(1991)；和WeinerA.J.等，Virology，180：842(1990))。在全球范围内，估计有7100万人患有慢性丙型肝炎(世界卫生组织，丙型肝炎情况说明书，2017年7月)。

尽管HCV的急性表现一般较轻，只有25％的患者出现黄疸病，但仍有很大一部分(＞50％)的感染者继续发展为慢性肝炎，并伴有严重且可能危及生命的后遗症，例如肝硬化和肝细胞癌(Jove等，Liver，8：42(1990)；和Hopf等，Hepatology，10：69(1990))。每年约有399,000人死于丙型肝炎，其中大部分死于肝硬化和肝细胞癌(世界卫生组织，丙型肝炎情况说明书，2017年7月)。

当前，通过检测抗HCV抗体(通常针对HCV结构核心蛋白或非结构NS3蛋白质)然后通过PCR直接检测病毒RNA来诊断HCV感染。HCV的许多现有核酸测试(NAT)都使用单个探针来检测和定量HCV RNA。由于探针区域内的突变，这种单探针检测方法可能导致定量不足或检测不到一些罕见的HCV变体和新出现的变体。核酸测试通常也使用液体形式提供的PCR试剂进行，需要冷冻保存和分批测试，并且样品制备的周转时间和某些测试的实时PCR可能超过几个小时。NAT也易于出现诸如污染之类的错误，并且当病毒的初始峰值消失时，RNA的水平可能降至检测极限以下。

因此，仍然需要HCV检测方法和系统，其(i)可靠地检测所有六种HCV基因型，(ii)以消除或减少储存需求和PCR试剂浪费的形式提供，以及(iii)可以快速进行。本公开提供了这样的方法和系统。

发明内容

本公开提供了用于扩增和检测样品中的人丙型肝炎病毒(HCV)核酸序列的寡核苷酸序列的组，其包括：(a)正向引物寡核苷酸序列，其包含SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：5；(b)反向引物寡核苷酸序列，其包含SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：8或SEQ ID NO：9；(c)第一探针寡核苷酸序列，其包含SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：11或SEQ ID NO：12；以及(d)第二探针寡核苷酸序列，其包含SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：13或SEQ ID NO：14，其中第一和第二探针寡核苷酸序列各自包含可检测标记。还提供了一种使用上述寡核苷酸的组检测样品中人HCV的方法。

本公开还提供了用于检测样品中的人丙型肝炎病毒(HCV)的试剂盒，其包含：(a)正向引物寡核苷酸序列，其包含SEQ ID NO：1；(b)反向引物寡核苷酸序列，其包含SEQ IDNO：2；(c)第一探针寡核苷酸序列，其包含SEQ ID NO：3；(d)第二探针寡核苷酸序列，其包含SEQ ID NO：4；(e)用于扩增和检测核酸序列的试剂；以及(f)使用说明，其中第一和第二探针寡核苷酸序列各自包含可检测标记。