[发明专利]一种用于检测KIAA1549-BRAF融合基因的荧光原位杂交探针及其制备方法和应用

权利要求书

1.一种用于检测KIAA1549-BRAF融合基因的荧光原位杂交探针，其特征在于，所述荧光原位杂交探针包含两个探针库，KIAA1549基因杂交探针库：探针的起始位置设计在KIAA1549基因断裂点左右各200Kb范围内，探针向着丝粒方向延伸，延伸的长度为300~1000Kb；BRAF基因杂交探针库：探针的起始位置设计在BRAF基因断裂点左右各200Kb范围内，探针向端粒方向延伸，延伸的长度为300~1000Kb。

2.根据权利要求1所述的用于检测KIAA1549-BRAF融合基因的荧光原位杂交探针，其特征在于，KIAA1549基因杂交探针库中所述探针的起始位置为KIAA1549基因16号外显子；BRAF基因杂交探针库中所述探针的起始位置为BRAF基因9号外显子。

3.根据权利要求1所述的用于检测KIAA1549-BRAF融合基因的荧光原位杂交探针，其特征在于，所述荧光原位杂交探针的两个探针库标记了两种不同颜色的荧光染料。

4.包含权利要求1~3任一所述用于检测KIAA1549-BRAF融合基因的荧光原位杂交探针的试剂盒。

5.权利要求1~3任一所述用于检测KIAA1549-BRAF融合基因的荧光原位杂交探针的制备方法，其特征在于，包括如下步骤：

（1）从UCSC Genome Browser下载KIAA1549基因和BRAF基因探针所覆盖区域的基因组非重复序列，其中KIAA1549基因探针覆盖区域为：起始位置设计在KIAA1549基因断裂点左右各200Kb范围内，向着丝粒方向延伸300~1000Kb，BRAF基因探针覆盖区域为：起始位置设计在BRAF基因断裂点左右各200Kb范围内，向端粒方向延伸长度为300~1000Kb；

（2）将步骤（1）获得的KIAA1549基因探针所覆盖区域的基因组非重复序列使用perl插件程序chunks.pl分割成1kb大小的区块；将分割后的区块批量导入OligoArray软件进行探针设计、探针筛选，筛选出的探针导出到EXCEL表格中，得到一系列KIAA1549基因探针序列；所述探针筛选的条件为：探针长度50bp，TM值85~99℃，GC比40~80%，不含TTTT/GGGG/AAAA/CCCC，探针最小间隔5bp；

（3）将步骤（1）获得的BRAF基因探针所覆盖区域的基因组非重复序列使用perl插件程序chunks.pl分割成1kb大小的区块；将分割后的区块批量导入OligoArray软件进行探针设计、探针筛选，筛选出的探针导出到EXCEL表格中，得到一系列BRAF基因探针序列；所述探针筛选的条件为：探针长度50bp，TM值85~99℃，GC比40~80%，不含TTTT/GGGG/AAAA/CCCC，探针最小间隔5bp；

（4）使用DNA合成仪对步骤（2）所得一系列KIAA1549基因探针进行化学合成，将化学合成的探针进行混合，制备得到KIAA1549基因探针库；同理，使用DNA合成仪对步骤（3）所得一系列BRAF基因探针序列进行化学合成，将化学合成的探针进行混合，制备得到BRAF基因探针库；

（5）使用带有不同荧光基团的通用引物分别对KIAA1549基因探针库和BRAF基因探针库进行扩增标记反应，得到荧光标记的KIAA1549基因杂交探针库和BRAF基因杂交探针库，所述荧光标记的KIAA1549基因杂交探针库和BRAF基因杂交探针库构成了用于检测KIAA1549-BRAF融合基因的荧光原位杂交探针。

6.根据权利要求5所述的制备方法，其特征在于，在步骤（2）所得一系列KIAA1549基因探针序列的每条探针5’端加上17bp的标签序列、3’端加上18bp的标签序列；在步骤（3）所得一系列BRAF基因探针序列的每条探针5’端加上17bp的标签序列、3’端加上18bp的标签序列；所述标签序列的碱基序列如下所示：

5’端标签序列为：TGTAAAACGACGGCCAG；3’端标签序列为：GGTCATAGCTGTTTCCTG。