[发明专利]一种与苏淮猪腿臀围性状相关的SNP标记引物对及其应用

说明书

本发明涉及一种与苏淮猪腿臀围性状相关的SNP标记引物对及其应用。所述SNP标记位于猪13号染色体上的MUC13基因的核苷酸序列上，所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪13号染色体含rs319699771核苷酸位点的分子标记，且具有A/G多态性，所述SNP标记与160日龄苏淮猪腿臀围极显著相关(P0.01)。一种用于检测所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。本发明提供的SNP标记与160日龄苏淮猪腿臀围极显著相关，可以通过鉴定该SNP标记来筛选高腿臀围苏淮猪品系，所得的高腿臀围苏淮猪品系具有重要的经济效益与社会价值。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种与苏淮猪腿臀围性状相关的SNP 标记引物对及其应用。

背景技术

猪腿臀围(Ham Circumference)性状指猪自左侧膝关节前缘，经肛门、绕至右侧膝关节前缘的距离。猪腿臀围是影响猪生长的一个重要指标。研究表明苏淮猪腿臀围性状与其体高、胸围、腹围性状极显著相关(P0.01)，可见提升苏淮猪腿臀围对于苏淮猪整体的生长发育有积极地提升作用，这对生长相对较慢的苏淮猪来说具有重要的意义。并且，提升苏淮猪腿臀围性状可以有效提升苏淮猪后腿比例，对苏淮猪经济性状的育种来说也显得尤为重要。猪肉是人们餐桌上的主要肉类之一。数据显示，2016年中国年消费猪肉总量排名世界第一。人们对猪肉的喜爱程度可见一斑。80年代以来，为满足国内市场对猪肉消费量的需求，各地在普遍推广应用国外杜洛克、长白、大白等商品瘦肉型猪种的同时，也在积极进行培育猪种的选育，如苏太猪、苏淮猪等。培育猪种相比国外商品瘦肉型猪虽然具有肉质好、抗逆性强等优良特性，但生长性能相对较慢。近年来，伴随着经济增长，人们生活品质快速提升，对猪肉品质的要求也从数量转变为同时追求质量和数量，市场需求方向的转变引导着猪育种思路的改变。这对于苏淮猪等培育猪种来说，育种的重点不仅仅在于肉质等性状的提升，同时还应注重腿臀围等相关生长性能的提升。猪腿臀围性状的遗传力较低(0.2-0.4)，常规选育困难，因此鉴别影响苏淮猪腿臀围的关键基因位点，利用分子标记辅助选育技术提升苏淮猪的腿臀围性状具有重要意义。

苏淮猪是由淮安市淮阴种猪场、南京农业大学、江苏省畜牧总站和淮安市农业委员会等单位于1998年开始培育，2011年3月25日获得国家畜禽遗传资源委员会新品种授权，证书为“(农01)新品种证字第18号”。苏淮猪是在新淮猪基础上再导入大白猪血统，通过横交、多世代选育而成，含新淮猪血统50％，大白猪血统50％。近期的一些研究发现，苏淮猪腿臀围变异系数较大，且160日龄苏淮猪腿臀围平均值为(75.25±0.37)cm，这与同时段国外商品瘦肉型猪腿臀围(80cm以上)相比相对较少。由此可见，对苏淮猪腿臀围的持续选育已迫在眉睫。

根据猪QTL数据库网站(http://www.animalgenome.org/cgi-bin/QTLdb/SS/index)知，有关腿臀围的QTL报道很少，且主要定位在猪3、6、13、15和17这五条染色体上，且大部分是利用微卫星标记定位的QTL，置信区间多在10-20c M，无法确定真正的主效基因及其关键变异位点，因此难以直接应用于种猪选育改良。

发明内容

本发明的目的在于针对猪传统腿臀围选育耗时费力，选育效果不佳，提供与苏淮猪腿臀围相关的SNP标记并将其开发为分子标记。

本发明的另一个目的在于提供用于检测上述SNP标记的引物对和检测方法。

本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记的用途。

一种开发与苏淮猪腿臀围性状相关的分子标记的方法，以含有国际猪基因组11.1版本参考序列猪13号染色体rs319699771核苷酸位点的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以苏淮猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，使国际猪基因组11.1版本参考序列猪13号染色体rs319699771核苷酸位点转化为分子标记； rs319699771位点三种基因型之间腿臀围性状有极显著差异，其中GG型个体腿臀围显著高于AA型，GG型个体腿臀围高于AG型个体。