[发明专利]稻瘟病菌无毒基因AVR-Pita1分子标记

说明书

本发明公开了一种检测稻瘟病菌无毒基因AVR‑Pita1 SNP位点的分子标记引物，引物序列如SEQ ID NO：1～2所示,利用所述引物PCR扩增待测DNA基因组，然后对扩增产物进行电泳检测，扩增出约500bp和250bp的两条带DNA基因组的SNP为276T位点,产物只有500bp一条带的SNP为276G位点。本发明具有操作简单，结果明确，节约时间的优点。

技术领域

本发明属于分子技术领域，特别涉及一种检测稻瘟病菌无毒基因AVR-Pita1SNP位点的分子标记引物，以及利用引物检测稻瘟病菌无毒基因AVR-Pita1SNP位点的方法。

背景技术

水稻是世界上最重要的粮食作物之一，全球约一半以上的人口以稻米为食物。稻瘟病是由子囊菌引起的广泛发生在世界各稻区的重要病害之一，严重威胁着世界的粮食安全。目前主要通过化学防治和种植抗性品种来控制稻瘟病。化学防治在一定程度上能减轻病害、减少产量损失，但对环境造成污染，因而通过种植抗病品种来预防稻瘟病是最佳选择。然而要卓有成效地开展抗病育种工作,除了必须寻找优良的抗源外,还必须深入研究稻瘟病菌的致病机制以及水稻与稻瘟病菌之间的互作机理等，而且在病原菌与寄主协同进化过程中，病原菌毒力基因组成会随着寄主抗病基因组成的变化而改变，最终导致抗病品种抗性的丧失(Zeigler R S.1998,Recombination in Magnaporthe grisea.Annu RevPhytopathol,36:249-275.)。在分子水平上研究这种互作关系，不仅要不断发现和利用新的抗病基因，进行水稻品种抗病基因分析，将多个抗病基因混合使用外，同时也必须对稻瘟病菌群体中的无毒基因进行分析。对无毒基因产物的研究是进一步了解特异性的分子遗传机制的重要手段，无毒基因可以作为一种分子探针用于研究稻瘟病菌的毒性群体结构特征，揭示其变异规律及动态，也可为抗病品种的合理布局和培育抗病品种及病害防治提供理论依据，从而达到长期、有效地控制该病害的目的(石军等，稻瘟病菌无毒基因研究进展.中国生物工程杂志,2006,26(12)：112～116)。

按照传统稻瘟病菌毒性组成(生理小种)鉴定的方法是通过鉴别品种的致病型鉴定划分生理小种来研究稻瘟病菌的群体结构，通过这种方法可了解稻瘟病菌群体中的生理小种组成和优势种群的变化,从而掌握稻瘟病菌的群体结构和遗传变异动态，但划分的生理小种常因鉴别品种而异，且工作量大，结果易受季节限制，环境条件人为因素的影响，难以准确反映稻瘟病菌的群体结构(陈庆河，稻瘟病菌群体遗传多样性及其无毒基因的遗传分析与分子标记定位.2005.南京农业大学博士学位论文)。

随着分子遗传学和分子生物学的发展，DNA水平上的指纹分析技术(如，SSR，RAPD，CAPS)为研究稻瘟病菌群体无毒基因的组成提供了高效、快速的方法，避免了通过鉴别品种的致病型鉴定的大量工作，因此国内外都非常重视稻瘟病菌无毒基因的分子标记筛选工作。

稻瘟病稻瘟病菌无毒基因AVR-Pita1SNP位点为276T和276G(http://dx.doi.org/10.1094/PHYTO-11-13-0302-R)，发明人利用AVR-Pita1基因的特异标记对田间菌株中AVR-Pita1SNP位点的进行准确、快速的分子检测，为研究稻瘟病菌群体无毒基因的组成提供了高效、快速的方法。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是提供一种利用分子标记快速、准确检测稻瘟病菌无毒基因AVR-Pita1SNP位点276T和276G的方法，筛选获得与无毒基因AVR-Pita1紧密连锁且不受环境影响的分子标记并进行变异位点定位，将分子标记与病菌的毒性组成紧密地联系起来。

本发明的上述技术目的是通过以下技术方案得以实现的：

一种检测稻瘟病菌无毒基因AVR-Pita1SNP位点的分子标记引物，其特征是，引物序列如SEQ ID NO：1～2所示。