[发明专利]基于二代测序技术的检测Y-STR基因座的试剂盒及其专用引物组合

说明书

本发明公开了基于二代测序技术的检测Y‑STR基因座的试剂盒及其专用引物组合。本发明提供的引物组合，由序列表中序列1至序列38所示的38种DNA分子组成。实验证明，采用本发明提供的基于二代测序技术的检测Y‑STR基因座的试剂盒检测标准品2800M中19个Y‑STR基因座的STR分型，分型结果准确。本发明提供的试剂盒具有重要的应用价值。

技术领域

本发明涉及法医学技术领域，具体涉及基于二代测序技术的检测Y-STR基因座的试剂盒及其专用引物组合。

背景技术

人类的Y染色体短串联重复(Y-chromosome short tandem repeats，Y-STR)是指存在于Y染色体上非重组区的短串联重复片段。Y-STR基因座是目前应用最广泛的遗传标记之一，其重复单元约2-6bp，具有父系遗传的生物特征，能够由父亲稳定的遗传给儿子。Y-STR检测技术在法医学中常应用于父系家族的亲权鉴定、身份不详男尸的身源确定、男性犯罪嫌疑人的排除及常染色体STR检测无法区分遗传信息的混合斑检验。

目前，主要是利用毛细管电泳(capillary electrophoresis，CE)针对各Y-STR基因座进行长度多态性方面的分型检测。常用的CE商业化Y-STR分型试剂盒有：Y23(Promega公司的产品)、Y(Promega公司的产品)、Yfiler(ThermoFisher Scientific公司的产品)和Yfiler Plus(Thermo Fisher Scientific公司的产品)等。由于CE只能对基因座的长度进行分型，核苷酸数量相等的所有等位基因被认为是同一个等位基因，容易导致一些序列不同但长度相同的等位基因被判别为同一等位基因，而且侧翼部分存在的序列差异也无法检测并利用。

近年来，二代测序(Next generation sequencing，NGS)技术已经应用于法医学STR分型研究。相比于CE分型，NGS技术在Y-STR基因座的分析中具有很多优势：1、样本输入量低，使得微量样本及降解样本检材的分型研究变为可能；2、准确性高，能够全部覆盖基因座的每个碱基并通过产出高测序深度保证Y-STR基因座各等位基因的高概率精确判断的严谨性；3、能够获得Y-STR等位基因间的核苷酸差异(Nucleotide Variation)信息,由于核心重复结构存在差异或扩增区段内存在变异(侧翼序列的碱基突变或插入缺失)，序列长度相等的等位基因可能是具有遗传稳定性的完全不同的等位基因，这种Y-STR序列多态性是个体识别分析的宝贵资源；4、成本低，通过对每个样本检材添加标签一次可以同时对多个样本进行平行测序，既节约了时间又降低了测序成本。

目前，针对法医学需求的二代测序商业化试剂的研发尚处于起步阶段，因此市面上基于二代测序的Y-STR基因座的商业化试剂盒较少。在illumina公司和Thermo Fisher公司推出的基于二代测序技术的STR分型的商业化试剂盒中包含有部分的Y-STR基因座。以上试剂盒价格昂贵，配套的数据分析程序只能针对各自试剂盒中固有基因座的测序数据进行分析，具有一定的局限性。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是如何进行Y-STR分型。

为解决上述技术问题，本发明首先提供了引物组合。

本发明所提供的引物组合，可由引物1、引物2、引物3、引物4、引物5、引物6、引物7、引物8、引物9、引物10、引物11、引物12、引物13、引物14、引物15、引物16、引物17、引物18、引物19、引物20、引物21、引物22、引物23、引物24、引物25、引物26、引物27、引物28、引物29、引物30、引物31、引物32、引物33、引物34、引物35、引物36、引物37和引物38组成。

所述引物1可为如下A1)或A2)：

A1)序列表中的序列1所示的单链DNA分子；

A2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子。