[发明专利]与南瓜光周期不敏感性状紧密连锁的indel分子标记及其应用

说明书

本发明公开了与南瓜光周期不敏感性状紧密连锁的indel分子标记及其应用，属于分子检测技术领域。所述indel分子标记SEQ7593定位于中国南瓜第10号染色体上，大小为280bp，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。所述indel分子标记SEQ7593可直接用于光周期不敏感性状分子标记辅助育种体系的建立。根据indel分子标记设计的引物扩增可以简便、快速、高通量地应用于南瓜品种改良分子辅助育种，为南瓜光周期不敏感分子育种提供技术支持，同时大大缩短了传统基因定位的时间。

技术领域

本发明属于分子检测技术领域，具体涉及与南瓜光周期不敏感性状紧密连锁的indel分子标记及其应用。

背景技术

中国南瓜是南瓜的三大栽培种之一，其产量和种植面积位居三个栽培种之首。然而中国南瓜属雌雄异花同株的短日植物，大都具有光温敏感性，春季华南地区的适宜播种期短(1-3月)，延至4月播种雌花分化减少导致严重减产，国内中国南瓜主栽品种存在种植地域限制，例如，蜜本南瓜及衍生品种不适宜在黄河以北地区种植，由此可见，光温敏感特性使中国南瓜在播种时间和地理分布受到极大限制。此外，起源于热带和亚热带地区植物的开花主要受光周期的影响，因此，选育光周期不敏感中国南瓜品种具有更广阔的应用前景。但传统育种方式选育光周期不敏感品种困难，一般要在长日照下筛选，且耗时费力，大大影响我国的南瓜育种事业。但随着高通量测序技术的成熟，特别是开发大量的SNP(单碱基扩增多态性)标记和应用高密度遗传图谱结合方法开展植物性状精细定位成为挖掘植物基因的热点之一。进而基于南瓜的全基因组信息，开发性状连锁的indel分子标记进行品种的初期筛选，达到分子辅助育种的目的，可大大缩短育种的周期提高育种效率。因此，进行南瓜光周期不敏感的基因定位，筛选紧密连锁的分子标记，建立早期辅助选择技术体系，对光周期不敏感的遗传改良具有重要意义。

发明内容

本发明的目的在于提供与南瓜光周期不敏感性状紧密连锁的indel分子标记及其应用。

本发明所采取的技术方案是：

与南瓜光周期不敏感性状紧密连锁的indel分子标记，记名为SEQ7593，所述indel分子标记SEQ7593定位于中国南瓜第10号染色体上，大小为280bp，其核苷酸序列如SEQ IDNO.1所示。

TTTCAGCTCTTACCCTATTCTTCAGAGTGAAAACCTACCCTTCAATAATTGAAGCCTTAAACTTTAGAATTATTAGAGATTCTTTAGAATGTTGGATAAAATTTAGTTCTGAAATAGTGCCAAGTTTATCATACATATGTTCTATGTTCTAAGTTCCATCCAAAATTCTAATTGTGCTCAAGAGTAGTTTTGAAATTTTTGTGAAATATTGTAAATCTGATGAGAATAGATGTATTATTAAAACAAATCTGATGAAGTCCAAGTTAAGGAGTAAAATGTG(SEQ ID NO.1)。

申请人通过研究，对南瓜光周期不敏感性状进行了QTL定位，筛选获得了与之紧密连锁的分子标记，记名为SEQ7593。通过测序，如果发现这段序列如SEQ ID NO.1所示，则相应的南瓜表现出光不敏感性状。如果发现SEQ ID NO.1所示序列缺失片段TCATA，即缺失SEQID NO.1所示序列自5’起第129位至第133位共5bp大小的碱基片段，获得大小为275bp如SEQID NO.2所示序列，则相应的南瓜表现出光敏感性状。