[发明专利]一种鉴定体细胞突变的综合策略

说明书

本发明公开了一种鉴定体细胞突变的综合策略，以比对结果作为基础数据，使用SNV鉴定工具组和Indel鉴定工具组同时对基础数据进行SNV和Indel鉴定，使用SNV鉴定工具组得到的所有SNV数据与设定的条件进行对比过滤，取出符合条件的可靠SNV数据，使用Indel鉴定工具组得到的所有Indel数据与设定的条件进行对比过滤，取出符合条件的可靠Indel数据，将可靠SNV数据与可靠Indel数据组合得到可靠体细胞突变结果。本发明综合运用多个突变鉴定工具同时降低鉴定突变时的假阳性和假阴性实现体细胞突变的精确鉴定，将鉴定体细胞突变的综合策略运用到工具中用于生产，应用价值高。

技术领域

本发明涉及一种鉴定体细胞突变的方法，尤其涉及一种鉴定体细胞突变的综合策略。

背景技术

本发明所指的“体细胞突变”是肿瘤组织中发生突变而正常对照中没发生的突变，类型包括SNV（Single Nucleotide Variation，单核苷酸变异）和Indel（Insertion andDeletion，插入与删除）。

当前有众多进行体细胞突变鉴定的工具，包括进行SNV鉴定的MuTect2、VarScan2、Radia、SomaticSniper、Strelka、MuSE等，以及进行Indel鉴定的VarScan2、MuTect2、Strelka、Pindel、Indelocator等。这些软件各有优势劣势，单独使用的时候都不能得尽善尽美的突变结果。下面列举其中使用较为广泛的两个软件，对单个软件的优劣势进行介绍。

MuTect2是突变鉴定领域内最出名的软件套装GATK（Genome Analysis Toolkit）的一部分。其优势在于使用了贝叶斯分类器，以已知突变为背景知识，对肿瘤组织中的突变为体细胞突变的可能性以及正常组织中没有发生相应突变的可能性进行统计检验，使得对体细胞的判断有较高的准确度。另外，其能对突变位点局部序列进行重新拼接，使得Indel及Indel附近的SNV的鉴定更加准确。其缺点在于没有经过大范围的实践应用，可能存在假阴性或假阳性。另外，软件还处于beta版（测试版），可能存在bug（程序缺陷），还不推荐用于生产环境。

VarScan2是领域内鉴定突变的常用软件。其优势在于运行速度快，突变鉴定相对准确。其缺点在于使用了Fisher’s Exact Test（费希尔精确检验）对突变是否为体细胞进行统计检验，这种检验方法较为简单，是一种纯数学的方法，不像MuTect2那样基于已有知识。另外，其存在有些突变被无故遗漏。

上述这些单个工具在鉴定体细胞突变时都存在假阳性和假阴性的问题。本发明在“肿瘤-正常对照”成对样本中，控制当前领域内单个软件工具在鉴定突变时的假阳性的同时减少假阴性，从而同时提高特异度和敏感度，准确地鉴定体细胞突变，最终得到最接近肿瘤真实体细胞突变的（染色体）位置、突变形式（野生型及突变型）。目前无成型、成文的方法或工具可以直接实现此功能。

发明内容

本发明目的在于解决现有技术中的上述问题，提供一种鉴定体细胞突变的综合策略，在控制假阴性的同时控制假阳性，通过这两方面的组合，实现体细胞突变的精确鉴定。

本发明为达到上述目的，所采用的技术手段是：一种鉴定体细胞突变的综合策略，以比对结果作为基础数据，使用SNV鉴定工具组和Indel鉴定工具组同时对基础数据进行SNV和Indel鉴定，使用SNV鉴定工具组得到的所有SNV数据与设定的条件进行对比过滤，取出符合条件的可靠SNV数据，使用Indel鉴定工具组得到的所有Indel数据与设定的条件进行对比过滤，取出符合条件的可靠Indel数据，将可靠SNV数据与可靠Indel数据组合得到可靠体细胞突变结果。

进一步的，所述比对结果使用BAM（Binary Alignment/Map）格式存储。

更进一步的，所述比对结果由BWA比对软件比对得到，并使用GATK的Re-align（重新比对）模块对比对结果进行重新比对获得。