[发明专利]一种检测待测样品中微生物的种类和相对含量的方法及其专用引物组合

说明书

本发明公开了一种检测待测样品中微生物的种类和相对含量的方法及其专用引物组合。实验证明，采用本发明提供的方法可以检测待测样品中微生物种类和/或每一种微生物的相对含量，待测样品可为‑20℃保存的人粪便样品或常温保存1‑7d的人粪便样品。本发明的提供的方法具有方便、快速、准确、成本低的特点，尤其是可以同时检测多个待测样品(理论上为4608个)。本发明具有重大的应用价值。

技术领域

本发明涉及微生物领域，具体涉及一种检测待测样品中微生物的种类和/或相对含量的方法及其专用引物组合，尤其涉及一种检测人粪便样品中微生物的种类和/或相对含量的方法及其专用引物组合，从而评价肠道菌群是否失调。

背景技术

人体微生物是人体的有机组成，数量庞大，种类多样(如细菌、古细菌、真菌和病毒等)，定植于胃肠道、口腔、皮肤、泌尿生殖道等，其所编码的基因数量是人体自身基因数量的100多倍，相当于人体的“第二个基因组”。肠道是人体中微生物分布最丰富的地方，占人体总微生物量约80％。按照系统分类，以种为单位，肠道菌群的种数高达1000多种，共计1014种微生物。这些微生物根据其功能可分为益生菌，条件致病菌和致病菌。益生菌是对人体有益的活性菌群，定植在人体肠道，改善人体胃肠道功能，恢复人体肠道内菌群平衡，形成抗菌生物屏障，维护人体健康。条件致病菌是人体的正常菌群，只在特定条件下致病，正常情况下对人体不会产生危害。致病菌是能引起人体疾病的细菌。

近年来，高通测序技术的发展推动了肠道菌群功能研究。大量研究证实，肠道菌群参与了我们消化食物、代谢维生素、糖、脂肪和氨基酸等生理过程，具有增强我们的免疫系统，保护我们免受其他致病细菌或真菌的伤害的功能。肠道菌群与我们体内的病毒和真菌一起构成了我们的相对恒定的微生物群落。肠道菌群的微妙变化可能导致一系列的健康问题，如炎症性肠病、肥胖症、结肠炎、癌症、细菌性阴道病、链球菌性喉炎、耳炎、鼻塞、湿疹、慢性疲劳综合症等等，这种现象被称为“肠道菌群失调”，因而肠道菌群平衡是维持肠道健康的关键。

检测肠道菌群可通过检测16S rDNA片段进行，无需体外培养。目前，检测16S rDNA片段最常用的方法为16SV3/V4/V6等保守区域高通量测序，该技术灵敏度高，特异性强，但是选择不同的保守区域菌群检测结果会有差异，同时并没有定论说测哪个区域更好。因而，急需建立一种方便、快速、准确、成本低且同时检测多个区域粪便样品中微生物的种类和相对含量的方法。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是如何检测人粪便样品中微生物的种类和/或相对含量。

为解决上述技术问题，本发明首先提供了引物组合。

本发明所提供的引物组合，可包括引物组和引物对X。

所述引物组包括引物对V3和/或引物对V4和/或引物对V6。所述引物对V3可由引物V3-FX和引物V3-RX组成。所述引物对V4可由引物V4-FX和引物V4-RX组成。所述引物对V6可由引物V6-FX和引物V6-RX组成。所述引物对X可由引物X-FX和引物X-RX组成。

所述引物V3-FX自5’端到3’端依次可包括如下两个区段：甲区段和V3-F区段。所述引物V3-RX自5’端到3’端依次可包括如下两个区段：乙区段和V3-R区段。所述V3-F区段和所述V3-R区段特异靶向细菌16S rDNA中的V3区域。

所述引物V4-FX自5’端到3’端依次可包括如下两个区段：所述甲区段和V4-F区段。所述引物V4-RX自5’端到3’端依次可包括如下两个区段：所述乙区段和V4-R区段。所述V4-F区段和所述V4-R区段特异靶向细菌16S rDNA中的V4区域。

所述引物V6-FX自5’端到3’端依次可包括如下两个区段：所述甲区段和V6-F区段。所述引物V6-RX自5’端到3’端依次可包括如下两个区段：所述乙区段和V6-R区段。所述V6-F区段和所述V6-R区段特异靶向细菌16S rDNA中的V6区域。