[发明专利]一种快速检测ALK基因断裂的探针组、试剂盒及方法

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，特别涉及一种探针组和试剂盒，通过使用荧光原位杂交的手段，快速检测样品中的ALK基因断裂。

背景技术

肺癌是中国乃至全球致死率最高的恶性肿瘤，其中非小细胞肺癌(Non-Small Cell Lung Cancer，NSCLC)是最常见的亚型，约占肺癌发病率的85％。近年来，随着对NSCLC分子生物学特征的深入研究，晚期NSCLC已逐渐进入到靶向驱动基因指导的个体化治疗时代。特别是针对ALK基因断裂阳性的NSCLC分子亚型。间变性淋巴瘤激酶(anaplasticlymphoma kinase，ALK)基因断裂阳性是NSCLC的一个特定分子亚型，约占NSCLC的5％左右。ALK是一种受体酪氨酸激酶，为胰岛素受体(IR)超家族成员。ALK主要表达于发育中的中枢和外周神经系统，在成人中的正常肺等组织中不表达，说明ALK对神经系统的正常发育和功能发挥了作用。虽然ALK的正常生理功能尚未完全阐明，但是当其与其它基因发生融合重排表达，则具有高度的致癌性。克唑替尼等药物可以对ALK断裂引发的NSCLC进行特异性的靶向治疗。

由于上述原因，ALK基因断裂被列入NSCLC临床必检项目，目前临床上检测ALK基因断裂的常见方法有免疫组化(IHC)和荧光原位杂交(FISH)，其中FISH是检测ALK基因断裂的金标准。但传统FISH使用的是基因组探针，探针总长度达100Kb以上，由于探针长度极长，覆盖范围极大，使得部分序列不可避免地出现非特异性杂交，导致背景偏高；同时，过长的探针也经常导致荧光信号点发散，不利于信号的确认和统计。由于传统FISH探针单位长度的荧光强度有限，用减少探针长度的方法来解决上述问题，会使得荧光信号强度降低，不利于检测。

发明内容

本发明的目的在于提供一种探针组，通过荧光原位杂交的手段，建立一种快速、灵敏、特异性地检测样品中ALK基因断裂的方法。

本发明的快速检测ALK基因断裂的方法与传统FISH方法相比，具有背景低，信号点集中，特异性强，速度快等优点，能快速、高效地检测ALK基因断裂。

本发明是通过以下技术方案实现的：

本发明提供了一种快速检测ALK基因断裂的探针组，所述探针组由接触探针、扩增探针和荧光探针三种探针组成，所述接触探针包括接触探针1和接触探针2，所述扩增探针包括扩增探针1和扩增探针2，所述荧光探针包括荧光探针1和荧光探针2，其中，接触探针1、扩增探针1、荧光探针1、接触探针2、扩增探针2和荧光探针2的碱基序列分别为：

接触探针1：

5’-TAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCA(GTATJCGCJCTGFTATJCCG)-3’；

扩增探针1：

5’-CGGFATAJCAGFGCGFATAC(TCFACGJCFCTAJGGAFAAFG)-3’；

荧光探针1：5’-CY3-JTTJTCCFTAGJGFCGTJGA-3’；

接触探针2：

5’-AGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTG(AGTFAJCGCFGTAFCAAJTJ)-3’；

扩增探针2：

5’-FAFTTGJTACJGCGFTJACT(GCAFJTTACCGFAJJTACFT)-3’；

荧光探针2：5’-FITC-AJGTAFFTJCGGTAAFJTGC-3’。

优选地，所述荧光探针1和所述荧光探针2的5’端用荧光基团标记。

优选地，所述荧光基团为CY3、FITC或FAM。

进一步地，所述接触探针1、所述扩增探针1和所述荧光探针1用于检测ALK基因断裂位点N端，所述荧光探针1将ALK基因断裂位点N端标记为红色荧光，所述接触探针2、所述扩增探针2和所述荧光探针2用于检测ALK基因断裂位点C端，所述荧光探针2将ALK基因断裂位点N端标记为绿色荧光，所述接触探针、所述扩增探针和所述荧光探针的碱基序列中的F表示甲基化的C，J表示甲基化的G，引入F/J两种天然基因组DNA中不存在的碱基，可以有效地减少非特异性杂交，提高检测的特异性。

本发明还提供了一种用于快速检测ALK基因断裂的试剂盒，所述试剂盒包括杂交液和上述由接触探针、扩增探针和荧光探针三种探针组成的探针组。