[发明专利]一种快速检测ALK基因断裂的探针组、试剂盒及方法

权利要求书

1.一种快速检测ALK基因断裂的探针组，其特征在于，由接触探针、扩增探针和荧光探针三种探针组成，所述接触探针包括接触探针1和接触探针2，所述扩增探针包括扩增探针1和扩增探针2，所述荧光探针包括荧光探针1和荧光探针2，其中，接触探针1、扩增探针1、荧光探针1、接触探针2、扩增探针2和荧光探针2的碱基序列分别为：

接触探针1：

5’-TAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCA(GTATJCGCJCTGFTATJCCG)-3’；

扩增探针1：

5’-CGGFATAJCAGFGCGFATAC(TCFACGJCFCTAJGGAFAAFG)-3’；

荧光探针1：5’-CY3-JTTJTCCFTAGJGFCGTJGA-3’；

接触探针2：

5’-AGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTG(AGTFAJCGCFGTAFCAAJTJ)-3’；

扩增探针2：

5’-FAFTTGJTACJGCGFTJACT(GCAFJTTACCGFAJJTACFT)-3’；

荧光探针2：5’-FITC-AJGTAFFTJCGGTAAFJTGC-3’。

2.根据权利要求1所述的探针组，其特征在于，所述荧光探针1和所述荧光探针2的5’端用荧光基团标记。

3.根据权利要求2所述的探针组，其特征在于，所述荧光基团为CY3或FITC。

4.根据权利要求1所述的探针组，其特征在于，所述接触探针1、所述扩增探针1和所述荧光探针1用于检测ALK基因断裂位点N端，所述荧光探针1将ALK基因断裂位点N端标记为红色荧光，所述接触探针2、所述扩增探针2和所述荧光探针2用于检测ALK基因断裂位点C端，所述荧光探针2将ALK基因断裂位点N端标记为绿色荧光。

5.根据权利要求4所述的探针组，其特征在于，所述接触探针、所述扩增探针和所述荧光探针的碱基序列中的F和J为两种天然基因组DNA中不存在的碱基，其中，F表示甲基化的C，J表示甲基化的G。

6.一种含有权利要求1-5任一所述探针组的用于快速检测ALK基因断裂的试剂盒。

7.根据权利要求6所述的试剂盒，其特征在于，还包括包括杂交液。

8.根据权利要求7所述的试剂盒，其特征在于，所述杂交液包括：1～10％(w/v)硫酸葡聚糖，100～1000mM NaCl，10～40％(v/v)去离子甲酰胺，5mM Na₂EDTA，0.01～1％(v/v)TritonX-100，5～200mM Tris-HCl(pH 7.5)，0.1～1％的吐温80，0.1～1％的三甲铵乙内酯。

9.一种利用权利要求6所述试剂盒快速检测ALK基因断裂的方法，其特征在于，包括如下步骤：

(1)吸取10μL样本滴在载玻片上，在56℃下烘干，使样本固定在载玻片上；

(2)在室温下将载玻片浸入二甲苯中脱蜡2次，每次10min，随后在100％乙醇中浸泡5min，接着依次浸入100％乙醇、85％乙醇和70％乙醇中各2min复水，在90℃下浸入纯化水中煮20-30min，每5min将载玻片取出观察一次，防止样本脱落，取出载玻片，在室温下将其依次浸入70％乙醇、85％乙醇和100％乙醇中各2min脱水，自然晾干；

(3)分别吸取0.5μL的接触探针1、接触探针2、扩增探针1、扩增探针2、荧光探针1和荧光探针2，加入到17μL杂交缓冲液中，混匀，离心，得到探针混合物；

(4)将20μL探针混合物滴于载玻片的杂交区域，盖片，胶水封边，置于杂交仪中杂交30min；

(5)去除载玻片上的封片胶和盖玻片，在67±1℃下干燥2h，然后将其浸入含0.3％(v/v)NP-40的0.4×SSC溶液中漂洗2min，其间晃动1～2次，在暗处自然晾干；

(6)将10μL DAPI复染剂滴于载玻片的杂交区域，加盖盖玻片，静置10min，用荧光显微镜镜检。