[发明专利]DMD基因捕获探针及其在DMD基因突变检测中的应用

说明书

本发明公开了DMD基因捕获探针及其在DMD基因突变检测中的应用。本发明公开的DMD基因捕获探针的制备方法包括：制备N个亚探针，连接N个亚探针，得到DMD基因捕获探针；N为大于等于2的一个自然数；N个亚探针满足N个亚探针能覆盖DMD基因的全部序列；在DMD基因上任何两个相邻的亚探针均满足上游亚探针的下游有一个或多个核苷酸与下游亚探针的上游重叠；N个亚探针的长度均为50‑150bp。利用本发明的DMD基因捕获探针对DMD基因进行检测不仅可以检测DMD基因是否存在缺失/重复扩增突变，还可以精确定位断裂点区域以及片段大小，还可以检测待测样本的DMD基因点突变。

技术领域

本发明涉及生物技术领域中，DMD基因捕获探针及其在DMD基因突变检测中的应用。

背景技术

DMD基因是假肥大型肌营养不良综合征致病基因(DMD/BMD)，位于X染色体Xp21.2区域，是目前已知的最大的人类基因，含有79个外显子，基因突变概率较高，在新生儿男婴中达到约1:3500。DMD基因含有多种突变类型，单个或多个外显子缺失突变最为常见，约占60～70％，单个或多个外显子重复扩增突变，约占5～10％，点突变包括单个或数个核苷酸置换、缺失或插入等，约占DMD所有突变的25％～35％。DMD基因庞大，突变发生率高，突变类型多样，各种各样的突变加在一起据统计达到四、五千种之多，这就给临床上DMD基因检测带来了很大的困难。

传统的DMD基因突变检测方法，对于不同的突变类型需要选择不同的检测技术，对于点突变，需要应用Sanger测序进行检测，对于外显子重复或缺失突变，需要应用微阵列比较基因组杂交技术(a-CGH)、MLPA或多重PCR等技术进行检测，上述检测策略和方法检测效率低，而且不能确定外显子缺失的精确位点与片段大小，因此，本领域需要能同时检测DMD多种突变类型的更准确和效率更高的方法。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是如何检测DMD基因全基因的突变。

为解决上述技术问题，本发明首先提供了DMD基因捕获探针。所用DMD基因的序列为人类参考基因组版本Hg19(更新日期为2015年8月6日)的chrX:31137345-33357726。

本发明所提供的DMD基因捕获探针，按照捕获探针的制备方法制备，所述捕获探针的制备方法包括：制备N个亚探针，连接所述N个亚探针，得到DMD基因捕获探针；N为大于等于2的一个自然数；

所述N个亚探针满足所述N个亚探针能覆盖所述DMD基因的全部序列。

上述DMD基因捕获探针中，所述亚探针均可为单链DNA。

上述DMD基因捕获探针中，在所述DMD基因上任何两个相邻的亚探针均可满足上游亚探针的下游有一个或多个核苷酸与下游亚探针的上游重叠。在所述DMD基因上任何两个相邻的亚探针具体均可满足上游亚探针的下游有3个核苷酸与下游亚探针的上游重叠。

上述DMD基因捕获探针中，所述N个亚探针的长度均可为50-150bp。所述N个亚探针的长度具体均可为60bp。所述N个亚探针可为38954个亚探针。

上述DMD基因捕获探针中，所述N个亚探针的序列均可满足：

第1条亚探针的序列为DMD基因的第1-60位；

第2条亚探针的序列为DMD基因的第58-117位；

第3条亚探针的序列为DMD基因的第115-174位；

……

第n条亚探针的序列为DMD基因的第【57(n-1)+1】-【57(n-1)+60】位；

……

第38953条亚探针的序列为DMD基因的第2220265-2220324位；