[发明专利]西瓜果实糖分积累基因STP1连锁SNP位点及CAPS标记

说明书

本发明公开了西瓜果实糖分积累基因STP1连锁SNP位点及CAPS标记。本发明提供了检测西瓜基因组中SNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定西瓜为高糖西瓜或低糖西瓜中的应用；本发明的实验证明，本发明发现一个与西瓜糖分含量SNP位点；对RILs分离群体及自然群体进行果实风味鉴定并利STP‑CAPS标记分子检测该SNP位点与目的性状连锁情况；发现可以通过SNP多态性对品种进行初期筛选，达到分子标记辅助育种的目的，大大缩短育种周期，具有重要的理论及实践意义。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，尤其涉及西瓜果实糖分积累基因STP1连锁SNP位点及CAPS标记。

背景技术

西瓜(Citrullus lanatus)属于葫芦科重要作物，占世界蔬菜作物面积7％，全球年产量约为90,000,000吨(http：//faostat.fao.org)。我国西瓜产销量位于世界第一，是我国具有国际竞争力和较大经济增长空间的重要园艺作物。近期西瓜全基因组序列的发布，极大促进了西瓜分子生物学研究，为分子设计辅助育种提供了更加坚实的基础。随着西瓜基因组时代的到来，进一步明确基因功能，寻找控制西瓜重要性状的关键基因，是目前西瓜分子生物学研究的首要内容。

西瓜起源于非洲，原产非洲的野生西瓜包含两个生化类型，一种高糖含量果实(糖度10-13度，另一种低糖含量果实(糖度1-3度)；高糖含量西瓜是人类选育的主要性状。目前在西瓜种质资源库(http：//www.ars-grin.gov/)所存的西瓜种质资源中虽然拥有抗病等优良性状，但多份材料果实含糖量均只有不到5度，但同时由于果实含糖量是一种复杂的数量性状位点，由多个基因共同控制。在没有分子标记辅助选育的情况下，育种选育者不敢贸然使用低糖含量抗病优异资源来改善亲本抗病性等。通过鉴定西瓜糖分积累基因，开发其紧密连锁的分子标记进行品种初期筛选，达到分子辅助育种的目的，可大大缩短育种的周期提高育种效率，实现将低糖野生优异资源用于主栽品种分子改良的目标。因此，西瓜育种领域的科研和实践中需要提出一种西瓜果实糖分积累基因STP1连锁SNP位点及CAPS标记及其获取方法。

发明内容

本发明的一个目的是提供检测西瓜基因组中SNP位点的多态性或基因型的物质的用途。

本发明提供了检测西瓜基因组中SNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定西瓜为高糖西瓜或低糖西瓜中的应用；

或本发明提供了检测西瓜基因组中SNP位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定西瓜为高糖西瓜或低糖西瓜产品中的应用；

所述SNP位点为西瓜基因组2号染色体上第4037102位核苷酸或序列1第44位核苷酸，所述SNP位点基因型为TT纯合、GG纯合或T/G杂合。

本发明的还提供检测西瓜基因组中SNP位点的多态性或基因型的物质的另一个用途。

本发明提供了检测西瓜基因组中SNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定西瓜的糖度状态中的应用；

或本发明提供了检测西瓜基因组中SNP位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定西瓜的糖度状态产品中的应用；

所述SNP位点为西瓜基因组2号染色体上第4037102位核苷酸，所述SNP位点基因型为TT纯合、GG纯合或T/G杂合。

上述应用中，所述检测西瓜基因组中SNP位点的多态性或基因型的物质包括扩增所述SNP位点的引物对；

所述引物对具体由序列2所示的单链DNA分子和序列3所示的单链DNA分子组成。

上述应用中，所述检测西瓜基因组中SNP位点的多态性或基因型的物质还包括MesI限制内切酶。

本发明第三个目的是提供一种鉴定或辅助鉴定待测西瓜为高糖西瓜或低糖西瓜的方法。