[发明专利]用于预测大肠癌发病危险度的基因标志物及其应用

说明书

本发明涉及一种通过识别与大肠癌发病危险度具有显著相关关系的特定的单核苷酸多态性(SNP：single nucleotide polymorphism)碱基来预测大肠癌发病危险度的方法、包含有能够确认上述SNP的多核苷酸、多肽、抗体或cDNA的大肠癌发病危险度预测用组合物和包含该组合物的微阵列及试剂盒。

技术领域

本发明涉及一种通过确认与大肠癌发病危险度具有显著的相关关系的特定的单核苷酸多态性(SNP：single nucleotide polymorphism)碱基来预测大肠癌发病危险度的方法、包含有能够确认上述SNP的多核苷酸、多肽、抗体或互补脱氧核糖核酸(cDNA)的大肠癌发病危险度预测用组合物和包含该组合物的微阵列以及试剂盒。

背景技术

大肠的结构是指从小肠末端起至肛门的脏器，其长度约为1.5米左右。大肠由上行、横行、下行和S状结肠、直肠及肛门构成，大肠的主要功能是指通过从小肠接收消化后的残留食物而吸收水分和电解质并将剩余残渣排出的功能。

大肠癌为在上行结肠、横行结肠、下行结肠、S状结肠和直肠粘膜中发生的恶性肿瘤，其包含有腺癌、淋巴癌、肉瘤、扁平上皮癌等，其中腺癌(adenocarcinoma)的发生所占比重较高。据悉，在韩国，分部位的大肠癌发生频率中，上行结肠和S状结肠各占25％，直肠占20％。

查看大韩民国的大肠癌，在70年代之前属于不易发生的疾病，但随着饮食生活的西方化，目前呈现逐渐增加的趋势。根据统计局的死亡原因统计(国家核准统计第10154号)和保健福祉部的癌症登记统计(国家核准统计第11744号)，从2000年至2010年的10年之间，大肠癌的发病率从10万人中21.8人上升至41.5人，死亡率从10万人中8.8人上升至15.4人，几乎增加了2倍，并且呈现继续增加的趋势。

并且，当纵观与大韩民国相邻的亚洲国家中的中国和日本时，引用中国媒体的美国自由亚洲电台(RFA)的报道中称，根据中国肿瘤登记中心发刊的＜2013中国肿瘤年度报告＞，癌症死亡者人数达到年内270万人，年平均有312万人得到了癌症确诊判定，呈现每年增加的趋势。并且，报告称大肠癌之一的直肠癌的发病率在所有癌症中占据第三位(第一位：肺癌，第二位：胃癌，第三位：直肠癌)。至于日本，根据2006年日本癌症发病率监测(MCIJ：Monitoring of Cancer Incidence in Japan)的统计资料，报告称对于男性(胃癌：55.3人/10万人、大肠癌：45.1人/10万人、肺癌：41.6人/10万人)和女性(乳腺癌：52人/10万人，大肠癌：25.6人/10万人，胃癌：20.3人/10万人)而言，大肠癌的发病率在所有癌症中分别占据第二位(International Jounal of Cencer(国际癌症杂志),2014,134,747-754)。

目前，对于大肠癌来说，与其它消化系统癌症相同，外科手术是最为有效的治疗方法，从一期初期阶段至三期具有70％～90％的生存率，最后阶段四期中具有15％的生存率。

大肠癌的主要危险因素大致可分为两种。第一种为环境因素，高龄、过度摄取肉类、纤维质摄取不足、维生素摄取不足、钙摄取不足、饮酒、吸烟等被认为是其原因。第二种为遗传因素，被认为在癌细胞发展到转移的各阶段中有APC、KRAS、P53、MLH1、MSH2、INK4A及SMAD4等各种基因参与。

另一方面，在人类的情况下，以约每1000碱基中一次的频率发生变异，这被称之为单核苷酸多态性(SNP：single nucleotide polymorphism)，5％多态性称之为常见多态(common polymorphism)，1～5％多态性称之为罕见多态(rare polymorphism)。目前，为了分析人类所有碱基序列，诸多实验方法等得到了发展，其中，目前为止全基因组关联研究(Genome-wide association study：GWAS)被用于很多疾病的研究中。