[发明专利]与水牛产奶性状相关的SNP标记及其应用

说明书

技术领域

本发明属于家畜分子标记制备技术领域，具体涉及与水牛产奶性状相关的SNP标记及其应用。

背景技术

据FAO2013年的统计数据显示，2011年底水牛存栏量为2338.2万头，仅次于印度11291.6万头和巴基斯坦3172.6万头，位居世界第三，可谓资源丰富。中国水牛属于沼泽型品种，具有耐粗饲、役力大、耐湿、耐高温、抗病力强等生物学特点，是我国南方地区重要的畜种，其资源丰富，奶质优良，营养丰富，具有“奶中之王”之美称。但我国水牛产奶量较低，其泌乳性能远低于世界著名的三大河流型水牛品种（摩拉、尼里-拉菲和地中海水牛）。为提升本地水牛的泌乳性能，我国自上世纪50年代和70年代分别从印度和巴基斯坦引进摩拉和尼里-拉菲水牛加以改良，并取得了较大的成效。尽管其产奶量得到了较大的提高，但仍存在着明显的差异。因此，利用先进的分子标记辅助选择技术应用于优良的奶水牛品种选育，对于改善水牛种质资源的创新与利用，尤其是有效的提高选种效率具有重要的意义。

泌乳主要来源于水牛的乳腺，受多种因素的影响，涉及乳腺发育和泌乳相关的基因、代谢通路以及细胞因子等。水牛的产奶性状与其他家畜的经济性状一样，同属于数量性状，由微效多基因控制。其中脂类代谢与其产奶量和乳品质相关。甘油三脂是乳脂和体脂的主要成分，溶血磷脂酸酰基转移酶（lysophosphatitidic acid acyltransferase，LPAAT）可催化甘油三酯sn-2位置的酯化，催化溶血磷脂酸形成磷脂酸。而磷脂酸是甘油三酸脂及重要脂类分子信号生物合成的关键底物。显然，LPAAT的生物学功能与水牛的产奶量和乳品质具有重要的相关性。

迄今为止，尚无有关水牛LPAAT基因作为水牛产奶性状的分子标记。

发明内容

本发明的目的在于围绕我国水牛品种产奶量较低的问题，提供一种应用于选育水牛产奶性状相关基因LPAAT。

本发明另一目的是提供上述一种水牛产奶性状相关基因LPAAT SNP的筛选。

本发明还有一个目的是提供上述水牛产奶性状相关基因LPAAT SNP的应用。

本发明解决上述技术问题的技术方案如下：

1.与水牛产奶性状相关的SNP标记，所述SNP标记位于水牛LPAAT基因，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。

上述LPAAT序列的第886bp、1471bp、2472bp、2813bp、3393bp和5540bp处的G886-A886、T1471-A1471、A2472-G2472、T2813-C2813、C3393-T3393和C5540-T5540的碱基突变，均与水牛产奶量显著相关（p<0.05）；第1386bp处的A1386-G1386的碱基突变则与水牛产奶量极显著相关（p<0.01）。

2.水牛产奶性状相关基因LPAAT的获取方法，包括如下步骤：

（1）取1头水牛静脉血并提取其总DNA。

（2）参考牛LPAAT基因（GenBank:AF285100.1），利用Primer5.0引物设计软件，经Oligo软件检测，确定用于扩增水牛LPAAT基因的正方向引物，并委托大连宝生物技术有限公司合成。

（3）将扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，根据产物大小判定结果。

PCR反应扩增程序为：

用1.5%含GoldView琼脂糖凝胶电泳对5μL PCR扩增产物进行检测，所述电泳条件为电压5V/cm，时间为20min，在凝胶成像系统中观察条带.将剩余的扩增产物委托深圳华大科技有限公司测序。

（4）将扩增产物克隆至pMD-18T，挑取阳性克隆委托深圳华大科技有限公司测序，结合生物信息学分析获取水牛LPAAT基因核苷酸序列。

3.水牛产奶性状相关基因LPAAT SNP筛选方法，包括如下步骤：

（1）根据水牛家族系谱和产奶记录，选取5头高产水牛（≥2000kg/305d）和5头低产水牛（≤1000kg/305d）,对其静脉采血并提取总DNA

（2）根据水牛LPAAT基因序列设计引物，引物序列由SEQ ID NO：2-17所示，对上述10头水牛DNA样品进行PCR扩增，取5μL PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳检测，剩余样品送至深圳华大科技有限公司测序；