[发明专利]与水牛产奶性状相关的SNP标记及其应用

权利要求书

1.与水牛产奶性状相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于水牛LPAAT基因，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。

2.根据权利要求1所述的LPAAT基因，其特征在于：在SEQ ID NO：1的第886bp、1471bp、2472bp、2813bp、3393bp和5540bp处的G886-A886、T1471-A1471、A2472-G2472、T2813-C2813、C3393-T3393和C5540-T5540的碱基突变，均与水牛产奶量显著相关；第1386bp处的A1386-G1386的碱基突变则与水牛产奶量极显著相关。

3.权利要求1所述水牛产奶性状相关基因LPAAT基因的获取方法，其特征在于按照以下步骤：

（1）取1头水牛静脉血并提取其总DNA；

（2）以水牛LPAAT基因序列为模板，利用Primer5.0软件设计引物，经Oligo软件检测，确定用于扩增水牛LPAAT基因的正方向引物，并委托大连宝生物技术有限公司合成；

（3）将扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，根据产物大小判定结果；PCR反应扩增程序为：94℃/3min；94℃/1min,60℃/30sec,72℃/1min,31个循环；72℃延伸/10min；

用1.5%含GoldView琼脂糖凝胶电泳对5μL PCR扩增产物进行检测，所述电泳条件为电压5V/cm，时间为20min，在凝胶成像系统中观察条带，将剩余的扩增产物委托深圳华大科技有限公司测序；

（4）将扩增产物克隆至pMD-18T，挑取阳性克隆委托深圳华大科技有限公司测序，结合生物信息学分析获取水牛LPAAT基因核苷酸序列。

4.权利要求1所述水牛产奶性状相关基因LPAAT分子标记的筛选，其特征在于按照以下步骤：

（1）根据水牛家族系谱和产奶记录，选取5头高产水牛，产奶量为305d大于或等于2000kg，以及5头低产水牛，产奶量为305d小于或等于1000kg,对其静脉采血并提取总DNA；

（2）根据水牛LPAAT基因序列设计引物，其序列如SEQ ID NO：17所示，对上述10头水牛DNA样品进行PCR扩增，取5μL PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳检测，剩余样品委托深圳华大科技有限公司测序；

（3）利用DNAStar7.0Seqman生物信息分析软件对测序结果进行拼接和比对，获取候选的SNP位点，其中有18个位点发生突变，即12个位于5’UTR，而内含子2有3个，内含子5有2个，外显子4有1个。

5.所述的分子标记在水牛分子标记辅助选择育种中的应用，其特征在于，包括如下步骤：

（1）对393头水牛进行静脉采血提取总DNA，对其进行质控，调整DNA终浓度在30-50ng/μL之间；

（2）针对权利要求4所筛选的SNP候选位点，利用Sequenom MassARRAY技术对上述水牛DNA样本进行SNP分型检测，根据质谱峰图判读各样本位点基因型；

（3）利用SAS9.2软件开展SNP基因分型检测结果与水牛产奶量的相关性分析。