[发明专利]具有微卫星区域的DNA的检测方法

说明书

技术领域

本发明涉及利用环杂交法来检测具有微卫星区域的DNA的方法以及通过环杂交法得到的杂交体。

背景技术

1～6碱基作为一个单位并重复而形成的重复序列被称为微卫星区域，已知其大量存在于人的基因组序列等许多哺乳类动物中，在人基因组中存在3000处以上。该微卫星区域显示出其重复次数(重复数)不同的多态性，因此已知作为各种基因解析的标记是有用的。另外还已知，在微卫星区域位于基因的蛋白编码区域时，其重复数的差异会成为疾病的原因，为了调查基因与疾病的相关关系，对微卫星区域进行了各种研究。

具有这种微卫星区域的DNA的多态性解析方法中，通常通过在PCR扩增后利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳或毛细管电泳对其片段进行分离分析来进行解析。但是，在进行微卫星DNA的多态性解析的情况下，需要利用30cm的毛细管进行电泳或利用40cm长的变性聚丙烯酰胺凝胶进行电泳，因此存在价格昂贵、需要专业技术等问题。

另一方面，作为变异基因的检测方法，已知下述环杂交法(LH法)：其在DNA片段的PCR反应后的反应液中添加单链低聚DNA与目标DNA片段杂交，根据所得到的杂交体的结构差异用电泳法进行分离，由此判断变异基因(专利文献1)。另外，还有利用该LH法进行具有微卫星区域的UGT1A1的变异基因的检测(非专利文献1)。

现有技术文献

专利文献

专利文献1：日本特开2007-61080

非专利文献

非专利文献1：Clinica Chimica Acta,412,1688-1672

发明内容

发明要解决的课题

由于不存在需要昂贵的设备和专业技术的问题，因此本发明人对非专利文献1中记载的方法(现有的LH法)进行了研究。但是，在使用该现有的LH法时，本发明人发现大量产生了目标杂交体以外的非特异性反应产物，因此会发生难以确定目标物的问题。即，在现有的LH法中，以仅仅野生型DNA和变异型DNA的分离为目的，因此只要这些泳动带或泳动峰与非特异性反应产物的泳动带或泳动峰偏离就不会有问题。但是，在由于微卫星区域的重复数不同而对多态性进行分离的情况下，可知非特异性反应产物有时会妨碍目标物的检测。根据这样的状况，本发明的目的在于，利用形成具有特定环结构的杂交体的LH法，提供一种不发生上述那样的非特异性反应产物的问题、能够以良好的精度检测具有微卫星区域的DNA的方法。

用于解决课题的方案

即，本发明人针对利用LH法对具有微卫星区域的DNA进行检测的方法进行了深入研究，结果发现，在探针与目标DNA杂交时，通过以微卫星区域全部进入环结构内的方式合成探针，由此几乎不产生非特异性反应产物，从而完成了本发明。即，本发明涉及以下方案：

“一种检测具有微卫星区域的DNA的方法，其通过下述步骤来检测：

(1)使具有微卫星区域的DNA和探针接触，形成所述DNA和所述探针的杂交体，所述杂交体具有包含微卫星区域的环结构，所述探针不具有与该微卫星区域互补的碱基序列而与该微卫星区域的两侧的碱基序列杂交；

(2)将所得到的杂交体分离出来；

(3)对该杂交体进行检测。”；以及

“DNA和探针的杂交体，其是使具有微卫星区域的DNA和探针接触而具有包含微卫星区域的环结构的所述DNA和所述探针的杂交体，所述探针不具有与该微卫星区域互补的碱基序列而与该微卫星区域的两侧的碱基序列杂交。”

发明的效果

根据本发明，能够简便且以良好的精度检测具有微卫星区域的DNA。

另外，即使是具有重复数(反复数)不同的微卫星区域的DNA，也能够根据重复数(反复数)的长度进行分离，并且几乎不产生在现有的LH法中大量产生的非特异性反应产物，因此能够以高精度检测目标DNA而无检测错误。

特别令发明人感到完全意外的是，发明人发现：如本发明这样以微卫星区域全部进入环结构内的方式来合成探针时，几乎不生成非特异性反应产物并且能够利用重复数的差异而对重复数不同的变异多态性进行检测。